根据《食品安全基本法》的规定，委员会设置事务局，处理委员会的事务。事务局设事务局长一人，并配备一定的职员。事务局长受命于委员长，管理局务。[13]至于事务局的内部组织架设则是由《食品安全委员会令》[14]来规定的。事务局设事务局次长一人。事务局次长，协助事务局长，整理局务。[15]
事务局可设置四个以内的科室。此外，委员会事务局还可奉命设置参与筹划局务相关重要事项的职位。同时，《食品安全委员会令》还作出授权，由内阁府令规定委员会事务局的内部组织的细目。[16]现在，事务局共设四科一官，即总务科、评估科、劝告宣传科、信息·紧急应对科和风险沟通官。
三、食品安全委员会的职责权限
《食品安全基本法》对食品安全委员会的职责作了详细的规定，其职责权限主要包括风险评估、提供咨询、调查审议、风险沟通和应对危机几个方面。[17]
（一）风险评估
所谓风险评估（Risk Assessment），是指“对摄取含有危害的食品有多大的概率、在多大程度上会对人身健康造成不良影响进行科学评估。例如，对于残留农药和食品添加剂，根据动物的毒性试验结果，推定人一生中每日摄取不会对人身健康造成不良影响的量（日摄取容许量，ADI），然后再设定这样的标准。”[18]
以往，风险评估与风险管理浑然一体。在设置食安会之后，明确区分了风险评估与风险管理，使风险的评估与管理相分离，由食品安全委员会进行一元化的风险评估，而由厚生劳动省和农林水产省等其他规制机关进行风险管理。这是日本食品安全行政的一项重要改革。在风险评估机关上存在着两种类型：一个是英国型或一体型，由同一个机关同时实施风险评估和风险管理；另一个是法国型或分离型，即由不同的机关分别实施风险评估和风险管理。是一体型好还是分离型好，取决于各国自身的状况。如果拥有决定风险管理政策权限的组织不能听取风险评估的科学家的意见，将两者分离，使风险评估机关独立出来，明确风险管理的政策责任是有必要的。在日本，行政常常无视、轻视科学家的警告，为此有必要加工风险评估机关独立出来，并赋予其对风险管理机关的劝告权。[19]日本的分离型风险评估机关是基于其自身行政的历史而作出的选择。
食品安全委员会所进行的风险评估，又称之为“食品影响健康评价”，即根据科学知识，对食品本身含有或加入到食品中的影响人身健康的生物学的、化学的、物理上的因素和状态进行评价，看其是否影响人身健康以及影响的程度。这是食品安全委员会最重要的职责。食品安全委员会应根据有关机关的要求或者主动对食品影响健康进行评价。然后根据评价的结果，通过内阁总理大臣，劝告相关各个大臣所应采取的食品安全政策；基于评价的结果，监督所采取政策的实施状况，在必要时，可通过内阁总理大臣劝告相关的各个大臣。相关各个大臣应向委员会报告其就劝告所采取的措施。[20]这种两种劝告以及在劝告之后的监督的职权，使得食品安全委员会又区别于一般的审议会，使得食品安全委员会事实上拥有与各省厅的调整功能。因而，对委员会的公共性进行分析是重要的。[21]
