委员任期三年。但补任委员的任期为前任的剩余任期。委员可以连任。委员任期届满时，该委员应继续履行职责至任命了后任者为止。内阁总理大臣认为委员存在身心障碍无法执行职务，或委员违反职务上的义务以及其他不适合委员从事的不良行为时，经两议院同意，可予以罢免。[⑨]
委员在服务时享有法律规定的津贴，但同时鉴于其职务的重要性和专业性，也需要恪守一定的纪律和义务。《食品安全基本法》要求委员不得泄漏职务上得知的秘密。退职后亦不得泄密。另外，委员在任期间不得在政党以及其他政治团体任职，不得积极从事政治运动。除经内阁总理大臣许可外，专职的委员在任期间不得从事取得报酬的其他职务，不得经营营利性企业，不得从事其他以金钱上利益为目的的业务。[⑩]这虽然限制了委员的政治活动自由和经济自由，但却是因其担负法定职责所带来的必然要求。如此，方能确保委员履行职责时是本着其自身的专业素养，而不是党派或某个特定企业的利益出发，从而保证其决定的中立性和可靠性，进而从组织上保障食品安全行政的有效运作。
为调查审议专门的事项，委员会可设置专门委员。专门委员由内阁总理大臣从富有学识经验者中任命。专门委员在调查审议该专门事项终了时解任。专门委员同样也是兼职。
委员会设委员长，委员长由委员从专职委员中互选确定。委员长总理会务，代表委员会。委员长发生事故时，由委员长预先指定的专职委员代理其职务。
值得注意的是，食安会的委员全部由专家组成，这虽然有助于保证食安会的专业性，但这也遭致了一定的批评。有学者批评认为，食安会以最优先保护国民健康为基本理念，却一个连一名消费者代表也没有选出。[11]七名委员均为专家，而不像欧盟的欧洲食品安全局（EFSA）的运营委员会那样还包含消费者和产业界的代表。谷垣祯一大臣在国会曾答辩称，从科学的观点出发进行风险评估，此为第一要义，而不一定要委以调整利害之任。这一观点对专家客观判断的信赖是浓厚的，但对透明性、独立性的考虑则是不足的。[12]从后文关于食品安全委员会职权职责的介绍也可以看出，食品安全委员会对相关大臣享有劝告和监督的权力，承担着部分风险管理的职能，如此在委员会中就有必要有消费者代表的参加。消费者代表的加入有助于弥补专家理性的可能不足，有助于防止专家借科学之名而行背叛民众之实。
（二）调查会和事务局
委员会设置了规划、风险沟通、紧急应对三个大的专门调查会，然后根据各种危险设置了14个具体的专门调查会和一系列的评估组。评估组共包括四大种类，分别是化学物质类评估组（添加剂、农药、动物用药品、器具、容器包装、化学物质、污染物）、生物类评估组（微生物、病毒、朊病毒（Prion）、霉变、自然毒素等）、新食品等评估组（转基因食品、新开发食品、肥料、饲料等）。专门调查会总计有240人。
