然而，我们应当看到，这种“股份合作制”实际上仍然是股份制，最多其中吸收了合作制的某些因素。如《农民股份合作企业暂行规定》虽然规定农民股份合作企业实行“民主管理”原则，但并未确立“一人一票”制度；虽然规定实行按劳分配与按股分红相结合以按劳分配主的分配方式，但又规定企业税后利润分配，应有60％以上用于扩大再生产（其中50％作为不可分割的公共积累），其余40％用于股金分红（股金分红一般不得超过税后利润的20%)、集体福利基金、职工奖励基金等，即实质上实行的是按股分红。
合作社是中小生产者和消费者为满足自己生产和生活的需要而建立起来的自我服务为上的经济组织。经过长期的实践经验，中小生产者和消费者终于认定，合作社是众多联合形式中对他们最有利的形式。因为采用合作社的方式，可以避开在市场经济中普遍存在的中间商的盘剥，从而降低生产和交易成本。由于中国是一个人口众多、经济规模极小的国家，因此她的发展急需合作社这种形式。在西方国家合作社中，农业领域的合作社最发达。相对西方国家而言，中国农村更需要合作经济组织的发展。这主要表现在：其一，农业规模经营对合作社的现实需要。实践证明，实现农业的规模经营是农业发展的必由之路。但是，目前我国农业向规模经营发展的一大障碍是农户超小规模分散经营的格局，即在一家一户小生产的格局下，农户所掌握的土地、资金、技术和信息有限，难以加大投入力度，难以形成规模优势，资源利用效率低。如何解决一家一户的分散经营与农业规模经营的矛盾，是推进我国农村经济进一步发展中不可回避的问题。而农村合作经济组织的建立有利于组织农民进行商品生产，在一个产品、一个产业、一个区域内形成产品规模、产业规模和区域规模优势，最终实现我国农业的规模经营。其二，合作社对于提高农业比较利益、改变农业弱质地位具有重要意义。长期以来，我国农业发展模式具有以下特征：一是农业发展以高产为主，片面追求产量和产值的增长，而对市场需求及与此相联系的农产品质量的提高关注不多；二是农业的种养、加工、流通相脱节，利益关系不紧密。形成了“农业第一车间千家万户，后续车间部门分割垄断”这样一种扭曲的产业格局。这种农业发展模式，加之农产品的强制低价收购制度，超小型的农业生产规模，以及因农业劳动力大量隐蔽性过剩，农业就业人数难以下降等因素结合在一起，提高农业的比较利益是极其困难的。而通过合作社组织实行产业化经营，延长农业加工链条，在农产品生产加工和销售间形成有机的联系，对于提高农业的比较利益、改善农业的弱质地位，具有至关重要的作用。其三，合作社是解决农民小生产与大市场矛盾的主要载体。随着我国社会主义市场经济的发展，农民面临着小而散的农户生产与大市场的矛盾。这个矛盾的根源在于农户进入市场的交易成本过高、风险大、竞争力弱、利益难以保证。按照科斯的产权经济理论，当外部市场的交易费用太高时，形成一种组织便有了其经济上的必然性。按照利益关系和组织方式的不同，引导农户进入市场的中介组织可分为私营型、合作型和公司型。而农业合作社作为一种农民互助性质的经济组织，较私营型与公司型中介组织而言，显然是一种更好的引导农户进入市场并解决农民小生产与大市场矛盾的主要载体。
