3．税收协定与国内税法的抵触与相容
如前所述，税收协定最原始也最重要的功能是，避免和消除对所得的国际重复征税。而要达到这个目的，就必须限制缔约国的税收管辖权。一般情况下，税收管辖权是通过国内立法加以规定的。税收协定既然要限制缔约国的税收管辖权，就一定会出现税收协定与国内税法不一致的现象。例如，国内税法可能规定，甲国可以对乙国居民A来源于甲国的所得课税。但甲乙两国签订的税收协定可以有不同的规定，例如，或者规定甲国不能对此行使管辖权，或者规定其管辖权必须受到限制。
如果税法的制定机关和协定的批准部门相同，或者协定的批准部门高于税法的制定机关，上述现象一般不会产生法律上的问题。例如，在不少国家，税法是由议会制定的，而税收协定也是由议会批准的，二者不容易产生法律矛盾。不过，如果政府签订的税收协定无需立法机关批准，而征税必须遵循严格的立法程序，就可能出现政府行为修改或废止法律的现象。这种结论在法理上似乎难以成立。
即便在实行双议院的国家，如果立法和批准条约的程序不同，仍然会产生税收协定与国内税法的效力抵触问题。例如，在美国，法律必须经过参众两院通过，并经总统颁布方为有效。但条约的审批只需要报经参议院同意，并由总统公布即生效。也是由于这个差别，美国不愿意承认条约效力高于国内法。既然条约的批准程序不及立法程序严格，以条约的形式修改国内法就有越权之嫌。
当然，税收协定与国内税法的冲突属于内部问题。在对外关系上，政府是一个国家的当然代表。政府签订的条约应当具有约束力，一国不得援引国内法而不履行条约。不过，既然是一个问题，就应该通过一定的途径予以解决。通过观察中国《企业所得税法》与相关税收协定的差异，结合中国《缔结条约程序法》的要求，可以尝试发现一些解决问题的线索。
4.《企业所得税法》第58条的内在冲突
《企业所得税法》第58条规定，“中华人民共和国政府同外国政府订立的有关税收的协定与本法有不同规定的，依照协定的规定办理。”从文字上看，似乎可以得出结论，一旦税收协定与《企业所得税法》有不同规定，税收协定绝对优先。不过，这条规则本身存在一些问题。如果完全按照文义做出解释，会引发一些意想不到的后果。
首先，在《企业所得税法》中规定条约优先，而《个人所得税法》没有这样的规定，是不是意味着条约优先不适用于个人所得税？中国宪法固然没有相关的规范，但是中国加入《维也纳条约法公约》，是不是认可条约优先于国内法？如果答案为“是”，还有必要在《企业所得税法》中规定这一条吗？如果结论为“否”，就有必要在特别立法中加以确认，2005年和2007年修订《个人所得税法》时，为何不将这项内容补充进去？毕竟，税收协定不仅适用于企业所得税，同样适用于个人所得税。
其次，《企业所得税法》的制定遵守了《立法法》规定的程序，先由全国人大常委会审议，再提交全国人大表决，最后由国家主席予以公布。而迄今为止，税收协定都没有经过全国人大常委会决定批准，也没有经过国家主席的公布，只是在签署后报请国务院备案。从法理上看，没有经过立法机关决定批准的协定，只相当于国务院制定的行政法规，它不应具有修改法律的效力。税收协定要想获得优于国内税法的效力，还是应该由人大常委会决定批准，再由国家主席予以批准。[6]
再次，根据《宪法》第67条的规定，全国人大常委会决定同外国缔结的条约和重要协定的批准和废除。《缔结条约程序法》第7条也规定，条约和重要协定的批准由全国人大常委会决定。而所谓“条约和重要协定”，根据该条第2款的解释，包括同中国法律有不同规定的条约、协定。税收协定的意义在于限制一国的税收管辖权，很容易出现与国内税法不一致。因此，税收协定应该属于提请全国人大常委会决定批准的对象。只有基于这种理解，才能为税收协定优先于国内税法提供法理依据。
最后，《企业所得税法》第58条是不是意味着立法机关的授权，使税收协定即使不经过全国人大常委会的决定批准，也具有优先于其本身的效力？如果这种授权是必要的，是不是意味着，假如没有这种特别授权，税收协定必须经过立法机关批准，否则就不能优先于国内立法？事实上，目前《个人所得税法》并没有同样的条款。但我们并无法得出以下结论：税收协定与《个人所得税法》不一致时，《个人所得税法》优先。其原因在于，如果这个结论成立，缔结税收协定对外国自然人的意义就不复存在。
