由此，各保护区的立法内容交叉，缺乏统一的指导思想和原则，没有协调统一的法律规范，使保护区建设过程中无所适从，容易出现重叠。
第二，立法等级低下、内容陈旧
现行有关保护区域的多种立法中，除《
自然保护区条例》是行政法规外，其他的均是部门规章和其他法律文件。我国多种保护区域环境类型齐全，数量众多，对保护生物多样性、维护国土及生态安全具有十分重要的意义，现行的立法效力等级与这种重要性明显不符。另外，这些法律文件已经过了十多年、甚至数十年，这一阶段我国保护区蓬勃发展，许多立法明显难以支撑，无法满足现实的需要，对许多问题，如与社区关系协调问题、保护区资源管理权归属问题、保护区开发过滥等问题都未能在立法上体现。因此，即便出现了保护区的重叠等问题，也很难在立法上找到依据。
第三，地方立法缺陷突出
理论上讲，地方立法是环境保护立法的重要组成部分、先力兵，原因在于环境保护尤其是生态的区域保护具有很强的地域差别性，地方立法最能掌握这种特点，在不与上阶法冲突的前提下，开展各种制度创新，成为环境保护新制度的试验田。但是我国的地方区域保护立法，当然也包括云南省，往往只是国家级立法的响应者，往往在国家立法的基础上略微改动，即便制定的时间较近，也未能解决一些实际中的新问题。因此，尽管云南省颁布了《云南省三江并流国家重点风景名胜区管理规定》与《云南省三江并流世界遗产地保护条例》等地方专门立法，依然没能解决该区域各种保护区重叠的问题。
第四，立法内容的冲突
各区域保护的立法，无论是同位阶还是上下阶之间，内容有许多冲突之处。例如，《
水生动植物自然保护区管理办法》是农业部于1997年10月颁布的，它颁布于《
自然保护区条例》之后，是该条例的下位法，但是在国家级保护区的审批程序上，二者发生了重大抵触。《条例》规定，申报国家级保护区，必须“经国家级自然保护区评审委员会评审后，由国务院环境保护行政主管部门进行协调并提出审批建议，报国务院批准。”但《办法》却规定“经评审委员会评审后，由国务院渔业行政主管部门按规定报国务院批准。”就谁报请批准的问题上，二者出现了矛盾。各法中，尚有许多其他冲突，在此就不一一列举。
