为此，2001年土地征收法的修正案规定，事业认定厅拟实施事业认定时，要听取第三者机关的意见，并尊重其意见。根据该法第25条之2第1款，事业认定厅是国土交通大臣时第三者机关是社会资本整备审议会；根据第2款，事业认定厅是都道府县知事时第三者机关是该法第34条之7第1款的审议会及其他合议制机关，但是，在市町村长公告与该地区相关的认定申请书及附件副本之日起两周阅览期间内，没有提交意见书时，不产生第三者机关意见听取义务。
事业认定厅为国土交通大臣时，第三者机关是社会资本整备审议会，这是因为公共用地取得特别措施法第7条规定，国土交通大臣拟实施特定公共事业认定时要经过社会资本整备审议会的审议。但是，社会资本整备审议会是国土交通大臣的咨询机关，其中立性、公正性在国会中也遭受过质疑。这样，参众两院国土交通委员会附带决议规定，社会资本整备审议会中参与事业认定审议的委员，要平衡地从法学界、司法界、都市规划、环境、媒体、经济界等领域选出，原则上不任命持推进事业立场的中央省厅的（已退休的）前辈；审议事业认定时，与该事业认定有利害关系的委员不能参与审议。另外，参议院的国土交通委员会还规定社会资本整备审议会的议事要旨要尽量公开。
事业认定厅是都道府县知事时，征收委员会成为第三者机关不是不能考虑。但是，征收委员会虽是补偿问题的专业组织，但未必是事业认定的专业组织。即土地征收法第52条第3款规定“委员和预备委员必须是对法律、经济或行政有丰富经验和知识，对公共福祉能公正判断者，经都道府县议会的同意，由都道府县知事任命”，但在事业认定中不能缺少环境等专业的委员。另外，让以事业认定为前提而审议补偿的征收委员会参与事业认定，从事业认定与征收裁决相分离的角度看，并非妥当。所以，土地征收法没有将征收委员会作为第三者机关是适当的。该法第34条之7规定“为了调查、审议根据本法规定属于都道府县权限的事项，在都道府县设置审议会、其他合议制机关。有关审议会等的组织与运营的必要事项由都道府县条例规定”。鉴于在地方分权改革中必要规制被视为侵害地方公共团体的自主组织权，[6]将组织、运营委任于条例可以说是对地方自治的尊重。
另外，政府提交的法律草案说的是必须听取第三者机关的意见，而众议院将其修改为必须听取意见并尊重该意见。只要听取意见，那尊重意见就应理所当然，但在作为中央省厅改革一环，审议会等的意见尊重之规定被删除背景下，而后通过国会修正得以重新设置，这具有重要意义。所以，国土交通大臣和都道府县知事除了在第三者机关的意见明显不合理时之外，应该遵从第三者机关的意见。
（四）事业认定理由的公示
事业认定虽然是剥夺、限制土地所有权人等权利的征收裁决之前的行政行为，但只要事业认定没有无效瑕疵，征收委员会就不能判断事业的公益性，所以，事实上在事业认定阶段土地就被套上了被征收的命运。而且，事业认定产生限制土地所有人为一定行为的法效果。所以从实质上看，事业认定具有作为向事业地关系人作不利行政行为的特性。
但是，行政程序法第2条第4项将不利行政行为定义道“行政厅基于法令，以特定人作为收件人，直接对其课赋义务，或限制其权利的行政行为”，在《与行政程序法实施相关的法律整备法》的政府内部的立法过程中，事业认定被认为不以“特定人为收件人”的行政行为，故不是行政程序法上的不利行政行为，[7]进而，不适用该法第3章有关不利行政行为的规定。也不适用该法第14条第1款（行政厅实施不利行政行为时，必须同时向收件人说明做该不利行政行为的理由）。另外，行政程序法第8条第1款规定“行政厅拒绝许认可的申请时，必须同时向申请人说明理由”，这样，事业认定被拒绝时，有义务向开发商说明理由，而无法依据该条得出事业认定被认可时有义务向事业地的土地所有者等人说明理由。但是，依照宪法的正当程序要求，[8]这种情况下应该要说明理由。
