针对这些规定以及实践中暴露出来的问题，学界对于此次修法在程序方面的改进期待是很多的，如可否改申诉确认程序为诉讼确认程序；变先行处理必经程序为选择程序；对赔偿委员会的性质进行重新定位等等。但是此次修法在程序改进方面则略显保守，不过强调从具体的细节性规定来看，仍然能够体现出立法者坚持实现程序正义的思路。期待着这一思路能够在今后的修法中得到进一步体现。
这些修法在行政赔偿与刑事赔偿程序中，增加了协商程序，特别值得关注。迅速解决纠纷是《国家赔偿法》设计行政赔偿程序的主要考量因素，从世界各国立法例来看，行政赔偿的结案方式可以归为两类：一是“决定式”，即完全由行政机关决定；而另一类则是“协商”式，采用协议契约的方式解决行政赔偿数额等内容。
《国家赔偿法》、《行政诉讼法》 对行政赔偿先行处理程序中采用何种方式来解决行政赔偿纠纷，均未作出具体规定。实践中，行政赔偿义务机关多采用“决定式”结案，一般不与请求权人进行协商或讨论，受害人只能被动接受或拒绝此决定，如《工商行政管理机关赔偿实施办法》第19条规定：“法制机构可以根据认定的事实，提出处理意见，报局长或提交局长办公室决定。”但也有一些机关采用协商式，重要的依据是《行政诉讼法》第67条第3款规定：“赔偿诉讼可以适用调解”，以及《最高人民法院关于审理行政赔偿案件的若干问题的规定》第30条规定：“人民法院审理行政赔偿案件在坚持合法、自愿的前提下，可以就赔偿范围、赔偿方式和赔偿数额进行调解。调解成立的，应当制作行政赔偿调解书。”第31条规定：“被告在一审判决前同原告达成赔偿协议，原告申请撤诉的，人民法院应当依法审理并裁决是否准许。”但由于原《国家赔偿法》规定并不明确，导致行政相对人的合法权益有时无法获得全面保障。此次修正中增加了协商方式，会使具体的操作有了明确的法律依据。当然，如何协商，协商协议效力等相关制度均需要进一步细化。
