（一）立法上关于流域管理体制的规定不明确，缺乏可操作性。
我国现行的流域管理体制的规定主要体现在
水法、
防洪法、
水土保持法、
水污染防治法等涉水法律、法规中，特别是2002年修订的《
水法》第
12条规定了我国的水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制，给予了流域管理相应的法律地位。但是，这些关于我国流域管理体制的规定十分模糊，大多数规定只是原则上要求建立我国流域管理体制，而具体要如何建立都没有明确规定。2002年修订的《
水法》第
12条虽然明确了我国要实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制，但对流域管理机构的职责、流域管理机构与各部门、各地区的关系都没有规定。这样的法律规定缺乏实际可操作性。
（二）缺乏统一强效的流域管理协调机制。
我国目前的流域管理机构由《
水法》第
12条第3款规定：“国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域机构，在所管辖的范围内行使法律、行政法规规定的和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。”如长江水利委员会、黄河水利委员会、珠江水利委员会、太湖流域管理局等，他们是水利部派出机构，代表水利部在流域范围内行使水行政管理职能。但是在实践中流域管理机构往往无法统一强效的对流域进行管理。
首先，立法中没有详细规定流域管理机构同其他部门的关系，往往在实践中造成混乱。同一流域会出现水利部门主要对江河湖库等水源地和农村水利、防汛抗早负责；城市供水、排水和城市地下水由城建部门负责；城市以外的地下水由国土部门的地矿局主管；城市排污由环境保护部门把关；水生生物保护则由渔业部门负责；湿地由林业部门负责；内河航运由交通部门负责；安全饮用水标准由卫生部负责制定；大型水电建设由电监会、国资委等负责的现象。所以，我国水资源管理一度有“九龙治水”之说。
