3.自筹资金有制度瓶颈。
“一事一议”制度作为一项旨在减轻农民负担的制度安排，在税费改革以后使农业基础设施建设资金匾乏的问题更加突出。税费改革前，乡镇政府用于农业基础设施建设的资金主要来源于各项预算外收入；而税费改革以后，取消了预算外收入，上级财政的转移支付仅能满足工资支出和日常运转，这使得作为一级政府的乡镇在提供农业基础设施方面的作用更加削弱。取消“两工”后，即农民义务工和劳动积累工，一些乡镇对农业基础设施所需资金实行“一事一议”制度。由于现在农村中的农民己经不再具有高度的同质性，即使在同一村中，不同农民之间在收入水平、收入结构和经济活动等方面都存在一定的差异，这些差异使得不同农民的基础设施需求意愿和筹资成本承担能力之间存在差异。况且作为政府的一项制度安排，“一事一议”制度既没有法律上的保证，也不是农民自己的一项自愿制度安排，难以对拒绝交费的农民采取有效措施，这些都导致自筹资金协调成本过高，操作难度过大。
4.深层原因复杂。
农村公共基础设施状况是制约农业社会经济发展的关键。总的来说，资金投入不足固然是造成这种状况的主要原因，但除此以外，在调研中发现，造成现在这种农村基础设施建设滞后的状况，还存在着其它一些深层次的原因。
（1）财政支农资金利用效率不高，产生浪费严重
这一状况的出现很大程度上是由于资金的多头投入、管理混乱造成的。目前，财政支农资金大都分属多个政府职能部门管理，由于各个部门对中央统一政策的理解、管理要求往往不近相同，会导致相同性质和用途的资金分散在多个项目、多个地区。这样一来，有限的资金往往无法形成整体合力，直接或间接地弱化了政策的效力强度。村镇一级政府为了出政绩、出成绩，往往贪大求洋，不注重实际效用的最大化，造成宝贵资金的浪费。
（2）农村集体经济无钱投入，农民投工投劳下降
农村集体经济无钱投入，农民投工投劳下降是农村基础设施建设滞后的重要因。在过去计划经济时期，“两工”(即农民义务工和劳动积累工)曾在农村基础设施建设方面发挥过积极作用。而现在农村集体公益事业建设采取的“一事一议”筹资筹劳的办法，存在“有事不议、有事难议、议而不决、决而不行”等问题，而农民对农村包括基建设施在内公益事业的劳务投入总量持续下降。一直以来，中国农村集体经济十分薄弱，多数村社没有固定的集体收入来源，因此，根本无钱投入农村基础设施建设。在取消了农民“两工”(即农民义务工和劳动积累工)和农业税的大背景下，农村基础设施建设资金投入不足的问题更是雪上加霜。
（3）农村基础设施建设规划普遍滞后
在农村调研中发现，由于农村基础设施建设规划滞后，农民乱搭乱建现象较为突出，造成资源浪费严重，农村基础设施整体效益发挥差。据了解，目前，农村基础设施建设有的无规划；有的规划缺乏统筹，部门之间缺乏协调；有的规划脱离实际、不便于具体操作;有的规划布局不科学、不适用；还有的规划因没有向农民宣传和公示，使得广大农民不了解。
