（2）政府财政支持农村公共基础设施建设的局限性。
依照公共物品供给理论，具有广泛外部收益的农村基础设施应由政府来提供。然而在二元经济结构的影响下，中央财政把更多的资金投入到了二、三产业发展以及城市基础设施建设中，而地方政府则普遍存在财权事权不匹配的问题，导致我国政府对农村公共基础设施建设财政投资严重不足。
（3）金融信贷支持农村公共基础设施建设的局限性。
首先，商业性金融为农村公共基础设施建设提供金融支持的局限性。农村公共基础设施的投资回报率相对较低，不符合商业性金融追求赢利最大化的目标。其次，农村政策性金融为农村公共基础设施建设提供融资支持的局限性。农村政策性金融的主要实施主体是中国农业发展银行。然而自1998 年以后，农发行逐渐收缩其业务范围，且有逐步向商业性银行过渡转轨的趋势，目前已经异变为仅在粮、棉、油收购方面发挥作用的粮食银行，其对农村公共基础设施建设融资支持非常有限。
（4）引进外资极其困难
在当今经济全球化的时代，一个国家的发展不仅要依靠本国资金，而且还要依赖于各种外国资本的引进，只有把本国资本和外国资本有机结合起来，才可能使本国经济获得充足的发展动力。但外资的投入有一个必然的原则，那就是要最求投资回报和利润的最大化，因此改革开放以来，外资对中国的投资大部分都集中在广大沿海地区以及内地城市和沿江等地区，以获得最大的投资回报，而真正对广大农村地区的投资，尤其是农村基础设施建设方面的投资非常少。这除了投资回报率低这个主要原因以外，还有广大农村地区的投资环境差、农村县、乡等基层政府投资政策体制和机制不完善等原因。
2.难以获得金融机构的支持。
自改革开放以来,我国基本上建立了以合作金融为主体，商业金融、政策金融、合作金融分工协作的农村金融体系。但就农村的投融资体制而言，目前农村金融体系存在明显的功能缺失，难以真正发挥金融支农的作用。在市场经济过程中，我国农村金融体系总体上呈萎缩态势。
（1）和非农经济相比，农业效益低下，因此，在商业化经营和利益杠杆的驱动下，农村金融体系中的国有商业银行大量撤并农村机构网点，不但不能有效地起到资金支农的作用，反而是将从农村吸收的资金更多地投向了非农产业。由于贷款回收没有保障，商业银行一般不愿意对农村基础设施建设项目进行放贷，使得农村基础设施建设的融资需求难以得到有效满足。
（2）农业发展银行由于资金来源不足、业务品种单一，支持农村建设的服务面也十分狭窄，难以真正发挥其支农职能。同时，由于金融体系普遍存在的市场定位模糊、职能不清问题,在拓展业务范围与商业金融竞争的同时，对其职能范围内的农业机械设备更新、农用水利基础设施建设等基础设施领域涉足很少。
（3）规模偏小、抗风险能力较差的农村信用社机构成为了目前农村金融市场的主导力量，但其先天条件的不足注定了对大规模农业项目的资金投入乏力。同时，趋利导向使得农村信用社出现了非农化特征，比如“重庆市农村信用合作社”已经更名为“重庆市商业银行”，使原本就短缺的农村资金外流到城市和其他行业。
