二是补偿标准难以把握。
征地所引发纠纷中，由于土地用途复杂化导致征地补偿标准尺度难以把握。 农村承包土地被征用后，对地上物价值的评估标准难题在实际案例中出现也较为普遍。农用地又可分为耕地、林地、草地、农田水利用地、养殖水面等，土地用途已有国家和政府根据土地本身情况予以明确，对其土地本身的补偿与地上物的补偿应按照不同标准，客观上出现了“同地不同补，同种不同补”的情况，使得征地补偿纠纷复杂化。
三是相关政策不稳定。
征地所引发纠纷的处理过程中，因政府关于土地承包的相关政策更迭较为频繁，各村镇具体实施政策的方法又差异较大，法院对此类案件做出裁判后，往往导致刚性的裁判结果与实际政策操作相背离，使生效裁判处境尴尬。对征地所引发纠纷进行裁判的法律依据集中于《土地管理法》、《农村土地承包法》、《物权法》以及最高院的司法解释等，但严格依据法律法规做出的裁判结果部分与政府出台的政策不符，裁判过程中，各部门限于自身职责无法协调，裁判做出后遭遇较大阻力，对司法权威造成极大的损害。
四是处理执行有困难。
征地所引发纠纷涉及的利益群体广泛，即使法院在案件审理中进行大量的平衡和协调工作，案件在执行阶段仍然会遇到重重困难。 在征地所引发纠纷中，往往涉及征地方、村委会、农村承包户、农地实际经营人等各方，其中比较常见的是村委会在其中的作用。由于征地方一般将征地补偿款先交给村委会，再由村委会打入村民帐户，实务中存在村委会以其他原因扣留承包农户补偿费的情况。另外，也有村民或村委会对征地补偿有异议诉至人民法院的案件，因征地行为属行政行为，按照法律判决后，如需政府部门调整征地方案的，需重新进行层层审批，判决的执行存在很大障碍。
(三)资金筹措萎缩的制度局限[4]
1.投入来源不均衡。
近年来随着农民收入增幅的减缓,集体经济的弱化，乡镇企业发展的停滞不前我国大部分地区的农户、农村集体经济和企业多已没有能力进行农村基础设施的投资。在农民整体收入不高的状况下，有一部分先富裕起来的农民具有投资实力,但由于国家缺乏明确的鼓励农村基础设施投资的政策或法律，造成农村基础设施的产权不明晰，进而影响了这部分农民投资的积极性。至于民间投资，由于农村基础设施投资具有风险大、投资期长、回报率低等特点，再加之缺乏足够的政策、法律支持，决定了利益导向的民间资本一般不愿意向农村基础设施投入。因此,政府事实上成为几乎是唯一的农村基础设施投资主体。
（1）农村公共基础设施自身的局限性。
农村公共基础设施大都属于公共物品或准公共物品，其典型特征是消费上具有非竞争性、收益上具有非排他性、正外部性较大且不容易内部化，因此在消费过程中不可避免地存在着“搭便车”的问题。这就使得很多大型的农村公共基础设施在给农村经济和农民生活带来巨大好处的同时，不能使市场主体得到应有补偿。因此无论是一般的投资者还是金融机构都不愿意投资该领域。
