（二）相关基本制度之缺失
循环经济是一种反传统的经济模式，具有典型的建构性，循环经济理念下的水资源保护需要相应的基本制度作支撑，然而我国目前与循环经济相契合的一系列水资源保护制度尚不完善或缺失。
首先，目前的节水和污水再生利用制度存在诸多缺陷，循环经济的首要原则是减量化，因此，节水是水资源保护的首要环节，但我国有关节水的法律制度还比较薄弱，《
水法》等国家和地方已颁布的法律文件，虽然对节水有所规定，然而对于浪费水的行为却未规定任何法律责任，已有相关法律、法规偏重于末端治理，对于从源头节水和减少水资源浪费规定甚少，有关推行节水技术的配套政策和措施不到位，节水标准体系不健全，如煤炭、水泥、电解铝等其他一些耗水量较大的行业尚无节水标准，服务业、农业领域也还没有制定节水标准；在污水再生利用方面，目前我国尚未建立城市污水再生利用规划制度，在城市建设规划中，虽然进行了城市的供水及排水规划，但在污水再生利用利用方面缺乏统一的规划，由于相关法律没有硬性规定以及没有按照市场化进行运作，目前我国城市普遍存在污水集中处理滞后和中水利用率低的现象，使水资源危机日益严重。
其次，与循环经济配套的一系列水资源保护激励机制尚未建立，例如，目前我国的排污收费制度存在收费项目不全和收费标准偏低等问题，排污费低于治理成本，使排污者宁愿缴纳排污费也不愿意治理，低价购买合法排污权的现象十分普遍。当然，新的《
水污染防治法》加大了违法排污处罚力度，扩大了处罚对象、提高了处罚标准，这将提高生产者的排污成本，对排污具有一定的遏制作用；但同时，我国目前尚未开征水资源税，并未将水资源的环境价值计入经济成本，企业运作的外部不经济，仍然是导致水资源大量浪费和污染的关键因素。
（三）水资源管理体制之缺陷
目前，我国对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制，对水资源污染控制采取分级和分部门的管理体制，这种管理体制存在较大缺陷，首先，现行的流域管理机构，其性质和权限都不足以实现综合统一管理，并且相应的配套法规不健全，流域管理机构的权限划分，流域管理在实际生活中的具体适用仍需要进一步明确，这十分不利于流域水资源的合理规划和水污染的全面系统防治；其次，根据现行有关法律规定，环保部门对水环境保护工作实施统一监督管理，水利、城建、交通、市政等部门分工负责，但并未明确环保部门统一监督管理权和其他有关主管部门管理权之间的关系，这使得部门职能和利益交叉，不利于集中统一执法，造成执法不便，同时，各部门之间争夺权力、推诿责任，不利于对节水及污水再生利用工作的监管，在中央和地方水资源管理的关系上，我国实行分级管理制，中央一般无权取代地方的执法权力，从而导致水资源管理中的地方保护主义严重。
