《
水法》中规定了，“水资源属于国家所有，水资源的所有权由国务院代表国家行使，农村集体经济组织的水塘和由农村集体经济组织修建管理的水库中的水归各农村集体经济组织使用。”由此我们可以知道，国家是农村水资源的所有人，其所有权由国务院代表国家统一行使。然而，在现实中，国务院对水资源所有权的行使往往是委托地方政府来行使的，而地方政府通常又是水资源最大的使用者。这样的情形就导致了地方政府既享有对水资源的管理权，又享有对水资源的使用权，这将不可避免的导致水资源在管理和使用过程中出现用水不平衡的现象，影响农村经济的协调发展，甚至会导致水事纠纷。
同时，我国的《村民自治法》中规定，农村集体经济组织统一组织灌溉，也就是说我国农村水资源的使用主体应是农村集体经济组织。然而在实际生活中，通常都是由村长或者村支书代表农村集体经济组织来统一行使水的管理权，而农村集体经济组织的土地实行承包责任制，是由农民个人承包经营的，由此造成农村水资源的使用权主体不明晰的现象，
（二）我国对农村水资源转让的政策法规体系不完善
水权是人类享有的一项基本权利，水权应当和其他的权利一样，受到
宪法和法律的保充分护。我国宪法中仅仅规定了水资源归国家所有，其他方面如水资源的使用权等则没有提及。在《
水法》中，对于水权转让方面也缺乏明确的规定，例如水权的性质，权利的内容以及是否能够转让等都没有做出明确的规定，不能够满足实践的要求，对直接的市场主体之间进行水资源交易制度也没有做出规定。
在其他基本法律中，对水权的保护也存在很大的不足。我国公民在合法权益受到侵害的时候，能够通过法律的手段来寻求救济，例如民事救济或者追究刑事责任等。然而，对于水权，其他法律中并没有作出相应的规定，反而对水权转让作出了许多限制性的规定。我国《
取水许可制度实施办法》中明确地规定了，取水权不得转让。这一规定与《
水法》等法规政策以及对水资源的配置的要求是相违背的，在很大程度上阻碍了水权市场的发展。
