总之，流域污染侵权自身的特质，决定了研究并健全长江水污染纠纷处理的法律机制，具有重要的理论意义和现实意义。
我国的《
水污染防治法》规定了两大类水污染纠纷，其一是跨行政区域的水污染纠纷，其二是水污染损害赔偿纠纷。对于第一类纠纷，我国采用的是由有关地方人民政府协调解决，或者由其共同的上级人民政府协调解决。对于第二类纠纷，规定由相关环境主管机关进行处理或通过人民法院诉讼解决。但是，跨行政区域的水污染纠纷的调处制度不健全，调处方式单一，没有充分发挥人民法院在处理纠纷中的作用。综观跨区域的水污染纠纷的处理机制，可以发现，首先，在调处纠纷的程序制度化方面，水污染法并未作出明确而详细的规定。其次，在程序缺失和监督不力的情况下，必须强化司法审查来保证其行为的合法性，但现行机制却缺乏这方面的安排。这样，发生在长江流域的跨区域的污染案件，不能通过诉讼来解决，而只是通过政府间的协商机制来解决。在这种协商机制缺位或失灵时，带来的就是利益和秩序的失衡。而对于第二类纠纷，虽然法律规定可以通过人民法院诉讼解决，但在长江流域，很少有污染案件进入司法领域。这种司法手段的缺位，特别是运用司法手段追究民事责任的缺位，是长江流域水污染受害人合法权益得不到有效维护，污染者得不到有效惩戒，政府行为得不到有效监督的重要原因。沱江污染事故、湘江污染事故、黄浦江污染事故等一系列污染事件中缺乏民事责任的追究就是明显的例证。所以要解决长江流域水污染纠纷的处理机制的完善问题，我们首先要面临的就是如何看待水污染纠纷的司法救济问题。
二、长江流域水污染纠纷司法介入的不足
无论是从理论层面，还是从现实层面长江水污染纠纷有司法介入的必然性，但是在现阶段，却很少有污染纠纷进入司法领域。这导致我们必须考察是否是其制度的缺陷导致了司法救济通道的不畅从而确定其调整方向。考察司法通道是否通畅，其判断标准是诉权和审判权的行使畅通与否。目前，就长江流域水污染的司法救济而言，在这两个方面都存在问题：
（一）诉权行使的不畅
决定当事人是否为权利而斗争，积极行使诉权的因素有三个，即诉讼资格、法律意识和政府干预。
第一，在诉讼资格方面，我国所采取的“直接利害关系当事人说”影响了长江流域水污染受害人提起诉讼。我国司法实践要求适格当事人应与案件有直接利害关系，没有直接利害关系的人无权向法院提起诉讼。对长江流域的水污染纠纷而言，如果固守这种理论和做法，那么无论是受害者的私益救济还是对水环境和水资源的公益救济都很难实现。就私益救济而言，长江流域发生的水污染，影响面广，当事人多，并且带有不确定性。要求单个受害者分别提起诉讼，其成本巨大，获益甚小，其结果可能就是受害者不愿提起诉讼。而代表人诉讼的门槛过高，加上地方法院从案件受理量考虑，代表人诉讼形式采用的很少。所以肯定像渔民协会等受害者授权的组织或团体的诉讼资格，对于长江流域水污染纠纷的解决无疑更有利于公正和效率的实现。就公益救济而言，因为直接利害关系理论，流域相关管理部门的诉讼主体资格受到污染者的强烈质疑，还不要说与水资源和水环境没有直接关系的环保团体、行业性组织和其他公民了。毋庸置疑，长江流域的水资源和水环境本身就是财富，就是生态性资产，对其破坏和污染，应当有人站出来请求救济。所以通过法院判决理论的创新，肯定流域机构、行业性组织、环保团体和公民就长江本身遭受的损害提起损害赔偿之诉或排除危害之诉就有必要。
