中编办批复的水利部流域机构“三定方案”中明确规定，长江水利委员会“在长江流域和澜沧江以西（含澜沧江）区域内行使水行政主管职责”，这是自流域机构成立以来国家在政策法规上首次明确规定了长江水利委员会的“水行政主管”地位。[8]根据“涉水四法一条例”[9]的具体规定，长江水利委员会的职责有：（1）长江流域的采砂活动的监督管理；（2）防洪协调和监督管理；（3）护堤护岸林木，采伐须经其同意；（4）水资源的动态监测；（5）取水许可证和水资源有偿使用制度的实施，收取水资源费；（6）制定年度水量分配方案和调度计划，实施水量统一调度；（7）对水工程的建设是否符合流域综合规划进行审查并签署意见；（8）长江的规划治导线的划定；（9）对水功能区的水质状况进行监测；（10）核定水功能区水域的纳污能力；（11）在长江流域新建、改建、扩大排污口的同意（12）水工程管理和保护范围的划定。
但是，长江流域的全部涉水事务管理并不是由长江水利委员会一家全部独立完成的，还有众多的“有关部门”。这些“有关部门”主要和长江上重要的涉水事务密切相关。长江的管理部门众多，人们常说“九龙治水”，实际上涉及到长江流域事务管理的部门有十二个之多。每个部门都有自己相应的涉水事务管理职权，比如环境保护部门主管长江流域的水污染相关问题，交通部门主管长江航线上的交通问题等等。长江上的主要涉水事务主要有：水资源的开发（包括取水、水能开发、渔业和旅游业）、对水体的污水排放以及固体废弃物和其他污染物质的排放、航运、水土保持和上游的植树造林以及岸线的生态保护、重大的水工程建设、防洪和抗旱的水资源调度等等。目前，就长江所面临的涉水事务中，重要的问题有：水污染防治、洪水控制、上游地区经济发展、跨区域的冲突、缺水等。然而，我国2002年《
水法》当中只是笼统的概括为“有关部门”，由此可见，长江流域管理中存在问题的复杂性。这些部门的职能虽然相对独立，但总还是在一些领域中有所交叉。正是这些交叉的职能比较容易产生冲突。
在水资源管理的法律上出现“有关部门”这样的字眼至少可以反应出一件事情，那就是在流域管理中多元化利益相关人的存在。也正是因为多元化利益主体有着不同的利益诉求导致在流域管理中多方面的利益冲突，造成流域管理中的复杂局面。所以，目前的流域管理机构制定了流域管理政策后，往往到次流域层面就受到利益相关人的抵制。具体到长江流域而言，主要的利益相关人由城市的供水企业、工业和农业，当然地方政府各部门、环境保护组织等。由于利益主体的多元化，就需要在流域事务管理当中必须提供一个可供解决利益冲突的场所。从前述的分析，我们可以看出，长江水利委员会明显还不是这样一个适当的平台。
