第三、现行水资源法还存在不少空白点，亟待弥补。例如，流域立法存在空白。长期以来，我国对水资源一直实行统一管理和分级、分部门管理的体制。由于没有认识到流域立法的重要性，忽视水资源自身发展规律，致使水资源危机不断加剧，已成为制约我国经济持续、快速和健康发展的瓶颈。流域水资源立法是当今国际社会共同的做法，实践证明，对流域开展立法，有利于发挥水资源的多种社会功能，实现水资源的可持续利用。
第四、各相关管理部门的职权范围互相交叉，法律地位不明确。长期以来，我国对水资源实行分级分部门多头管理，造成水资源管理混乱，使用效率低下。2002年我国新修订的《
水法》第
12条明确规定：“国家对水资源实行流域管理与行政区域管理相结合的管理体制。”“国务院水行政主管部门在国家确定的重要江河、湖泊设立的流域管理机构，在所管辖的范围内行使法律、行政法规和国务院水行政主管部门授予的水资源管理和监督职责。”这从根本上确立了流域管理机构在水资源管理方面的法律地位。
第五、缺乏有效的水权流转制度导致水资源配置和利用效益低下，水资源浪费严重我国水权流转制度的空白和缺陷是我国水资源配置效益低下的关键原因，应确立水资源的基本交易形式。目前，我国水权交易还没有相应的法律依据，水权交易市场还未充分建立。一方面，国家规定水资源所有权属于国家并禁止转让，却没有规定水资源他物权是否可以交易。另一方面，国家明确规定了取水权却禁止转让。
第六、水价制度不完善，水价偏低造成水资源的极大浪费造成缺水的局面，有客观的原因，如人均水资源不丰富，水资源在时空上的分布不均，也有人为的因素。于是市场在水资源配置中的基础性作用未得到充分发挥，水资源开发利用的主体没有节约保护的内在动力。必须承认，我国的水价制度正在不断完善当中，如上所述，我国先后出台了《水费征收和管理的试行办法》，《水利工程水费征收使用和管理办法》，《水利工程水费核定、计收和管理办法》，《
水法》，《关于贯彻执行“水利工程水费核定、计收和管理办法”的通知》，《
乡镇供水水价核定原则(试行)》，《水利产业政策》，新《
水法》等等，尽管如此，我国的水价制度仍相当不完善，由于在制定水价时，往往把水资源视为一种免费物品，自然资源水、产品水价格与价值长期严重背离。
