取水许可证制度，实质上是一种形式上对水权的初始分配，是在国家享有水资源所有权的前提下赋予用水户对水资源的使用和收益的权利。但是由于用水户没有明确主体地位,用水权不具有长期稳定性,而且不可转让,不能涵盖所有水资源的使用行为;水行政部门权限过大,单一的行政管理制度缺乏市场机制的调节和用水者的参与,造成水资源分配不合理和浪费;缺乏监督管理机制,透明度不高,对取水许可的总量控制不科学,对于水量的分配未做细致的界定,可操作性不强，[1]从而使我国水权转让市场发展较为缓慢。
(二)实施中缺乏具体技术支撑
初始水权分配是水权转让的前提。《
水法》第
45条规定：“调蓄径流和分配水量，应当依据流域规划，以流域为单元制定水量分配方案。”各流域管理机构在制定流域水资源规划时，要把用水权分配作为重要内容，并尽快确定各区域的用水权指标。但初始水权分配要考虑多种因素，要注意保证充分的生态用水和环境用水；要注意协调好上下游、左右岸，特别是行政区划之间的关系，协调好经济发达地区和相对落后地区、城市和农村、工业和农业之间的关系；要注意调整经济结构和产业结构，优化水资源配置，提高水资源承载能力；要注意保留一部分用水权指标，作为经济社会发展的水资源储备。水量分配不仅是一个技术问题，也是一个经济与社会问题，需要长期努力。目前除了黄河和部分内陆河以外，大部分河流没有水量分配方案。水量分配是水权分配的前提，在缺乏分水方案的前提下，水权不明确，水权交易容易引起纠纷。分水方案不仅要分配水量，还要规定水质参数。水质的下降必然会降低水的使用价值。如果水权只规定了用水数量，没有注明水质参数，水质的不确定性会增加水权转让的风险。[2]
(三)权力分配较为混乱
水流动性的天然属性必将会对水流经的地区产生相互影响，故对水权转让体验最深的就是水流上下游、沿岸、支流等区域。试想，若上游的水资源进行了水权转让，必然导致原水域的水的较少，那么下游、支流的水量和水质必然直接受到影响，同时对沿岸水用户也产生相应的影响。鉴于此，为了解决水权转让对他人的影响，需要建立相关的法律机制，平衡用水各方的利益，从而决定如何进行水权交易，在对第三方产生影响的时候应当如何对其权益进行救济。目前我国的水权交易制度在这方面的规定都还处于缺失状态。
