3月27日，黄河新闻网报道，山西省部署开展疫苗质量安全专项检查。3月28日，山西省委省政府在黄河新闻网上发表评论《要用科学理性态度认识和使用疫苗》，称“部分媒体关于我省疫苗的报道出现以后，引起不少网友关注。省委省政府高度重视，立即展开核查，妥善进行处置。事实证明，我省疫苗管理工作规范有序，是合格的，是可靠的，广大人民群众尽可以放心使用。”评论说，“一些网友的不同认识是如何产生的呢？这就涉及到我们是否在用科学的、理性的态度认识疫苗、使用疫苗。权威专家以大量鲜活的事例告诉广大网友，我省疫苗接种管理工作愈来愈规范有序、安全可靠，疫苗接种是一项专业性和科学性很强的工作，而认识疫苗和使用疫苗同样需要科学的、理性的态度。任何非理性的、非科学的态度，都是不足取的，也是不负责任的。”

　　3月28日的《瞭望新闻周刊》刊发文章《警惕疾控领域成腐败高发区》，称“山西疫苗事件”引网民高度关注，希望中央介入调查，给社会公众一个交待。绝大多数网民对所谓卫生部属企业华卫公司为什么能够垄断山西疫苗市场质疑最多，对山西卫生厅新闻发布会上有关“北京华卫时代公司进入山西疫苗市场，没有经过严格的招投标程序”的说法很反感，认为事情绝不是招标程序不严格这么简单。相当多网民表示，这其中深藏着腐败，深藏着权钱交易。3月29日，《广州日报》报道，中华医学会专家抵山西介入疫苗事件调查，北京《中国经营报》报道，山西疫苗基本结论存争议，卫生部专家约见举报人。4月1日，北京《民主与法制时报》发表评论《山西问题疫苗背后的“四个焦点问题”》，称“山西疫苗”已经成为公众和媒体关注的焦点，而山西省政府的新闻发布，无疑会让公众对山西省政府和有关部门的信任度大打折扣。山西疫苗的背后四个焦点问题：疫苗主管部门有失职渎职之嫌、山西省疾控中心监督查处不力、疾控中心原主任栗文元出国不归有贪官外逃之嫌、有关部门有掩耳盗铃之嫌。

　　政府机关与媒体之间的攻辩犹未停息，因为事实真相远为查明。由此可见，作为政府机关的被批评者，其发布的信息因难以取信于公众和媒体，始终处于被动的应对地位。而网民等公众和媒体的层层追问，不过显示了一般人的常识性判断。所以，在专业的新闻媒体和具有常识的公众面前，被批评的政府机关等对象，应当学会拿出基本能够合理的事实和解释，才能避免往往是步步为营嗟何及的可悲境遇。毕竟，公然造假的新闻媒体绝对不敢如此对垒，尽管所有新闻报道的事实一定会与实际有所出入，但毕竟是程度上的不同，而不是事实的有无。