就负面效应来说，马政府也无可避免将会面临到这些难题及挑战，包括洽签ECFA不是只对台湾带来好处，也将使台湾对大陆降税的产品，带来负面冲击。针对负面冲击部分，马政府亦编列950亿元预算来协助因应。另外，像是台湾地区的电机电子产品业、其他运输工具业、木材制品业将因签署ECFA而产生负面冲击，依序为负7.24％、负3.6％、负4.0％，对于台湾地区的电机电子产品业，冲击不可谓之不大；面对这样的情况，台湾地区未来可能受冲击之产业，马政府除将运用协商策略，争取对台湾有利之条件外，针对台湾部分属内需型、竞争力较弱、易受贸易自由化影响之产业，如家电、鞋类、成衣、陶瓷面砖、石材等，并给予适当辅导，协调转型升级，以提升竞争力。
坦白说，任何协商都会是有利有弊，只要是对整体台湾经济的利多于弊，就值得马政府尽力去推动，两岸经济协议的协商立场亦复如此。为了兼顾两岸经济协议创造之出口商机及台湾产业之利益，未来与大陆地区洽签两岸经济协议及后续货品开放协议时，马政府势必将审酌各国与中国大陆洽签FTA之先例，以争取对中国大陆货品继续适用WTO反倾销、补贴及防卫等协定，以保留台湾地区于WTO下对该等货品课征反倾销税、平衡税及采行防卫措施之权利。
而马政府洽签两岸经济协议，正是两岸经贸关系朝向制度化发展及朝向国际化之好契机；透过开放或调降关税，来创造两岸产业优势互补互利双赢。然而，在贸易开放过程中，台湾内部仍有部分属内需型、竞争力较弱之产业，仍可能产生负面影响。故马政府在协商期间会争取较长的开放调适期及较小的降税幅度，尽量兼顾内需敏感型产业承受冲击的能力以及产业转型所需要的调整期间。而“行政院”在进入正式协商之前，即已研拟完成「因应贸易自由化产业调整支援方案」，以2010至2019年为期，总经费为950亿元，应用于对未来可能受影响产业及劳工，提供各种支援措施。因此马政府绝非如反对者所言，对于冲击完全不予处理及正视。
简言之，马政府的策略及目标，就是ECFA是“一帮、二不、三要”，“一帮”就是帮助人民做生意，提升台湾竞争力；“二不”是不开放大陆劳工来台，不增加大陆农产品进口。“三要”是要关税减免、要投资保障、要保护智慧财产权。
至于外界最为关心的问题，ECFA能增加多少就业机会?冲击多少劳工?根据台湾“经济部”委托中华经济研究院针对洽签两岸经济协议对台湾就业的影响，研究显示，以台湾地区目前约1,010万的总就业人数为基础，一旦签署两岸经济协议，可望再增加就业人数25万7000人至26万3000人；而台湾“劳委会”委托的研究，也显示签署两岸经济协议，台湾地区总体就业人数可望增加约10万5000人至12万5000人。反之，如果不签两岸经济协议，当东协与中国大陆等国陆续签署区域贸易协定，而台湾被排除在外时，台湾经济会萎缩，实质GDP将会下降0.179％，就业人数减少。从职业类别来看，低阶技术工、商品买卖业之服务佐理人员及操作工、体力工都会受到冲击。根据“劳委会”曾综合“经济部”和“劳委会”各自委托的研究，取最大影响的预估值，评估预计有八万人会因为两岸经济协议的签订而受到影响。但是，所谓八万人受影响，绝不尽然是指八万人会失业，因为所谓“受影响”可能是指雇主订单减少，以致薪资降低、工时减少或福利缩水等。
