不过，在我看来，我国上述违宪审查制度存在根本性缺陷：
第一，我国的违宪审查是一种排除了对全国人大所制定的基本法律是否违宪的审查制度。无论宪法或立法法，都只是规定了审查的对象是全国人大常委会制定的法律、国务院制定的行政法规和地方权力机关制定的地方性法规，而从未把全国人大制定的基本法律是否合乎宪法纳入审查的范围之内。我国宪法序言和宪法第5条皆规定宪法是国家的根本法，具有最高的法律效力，一切法律、行政法规和地方性法规都不得同宪法相抵触；《立法法》第78条也明确规定：“宪法具有最高的法律效力，一切法律、行政法规、地方性法规、自治条例和单行条例、规章都不得同宪法相抵触”。但宪法和《立法法》只是把全国人大常委会制定的法律和其他规范性文件纳入了违宪审查的范围，而对全国人大所制定的基本法律是否违宪的问题未作任何规定，无论如何都不能说我国的违宪审查制度是彻底的和完整的。甚至可以说，如果不把基本法律纳入违宪审查的范围，那么就不可能有真正的违宪审查制度的建立。其危害具体有二：(1)对法治和宪治是一种严峻的挑战。法治和宪治之基本要求就是任何国家权力主体皆受制于宪法。孟德斯鸠说过：只要社会上还有一人凌驾于法律之上而不受制约，那么社会所有其他人都有可能受其专制之统治。卢梭则断言：“专制君主则是一个把自己置于法律本身之上的人”。从理论上讲，我不知道如果全国人大的立法权不受制于宪法而在事实上凌驾于宪法之上，那么全国人大会不会成为“利维坦”式的现代专制者?但有一点可能肯定，那就是“绝对的权力绝对地腐败”，全国人大的立法权只要不受宪法的监督，同样也会避免不了权力的滥用之危险，托克维尔所说的“多数人的暴政”就是由于人民民主没有受到制约造成的。全国人大制定的基本法律也会有违宪的可能，所以对基本法律的违宪审查实际上就是对立法权的制约与监督，否则全国人大之立法权岂非超越于法治之外而对法治事业本身构成严重的挑战吗?(2)使宪法之最高法律效力失去其应有的作用。宪法和《立法法》皆规定了宪法是具有最高的法律效力的根本法，一切法律不得同宪法相抵触。然而，在实际违宪审查中却未把基本法律纳入违宪审查的视野之中，一旦出现基本法律与宪法相抵触而违宪的情况，就缺乏对其审查的机构，从而造成基本法律违宪审查的缺席，而使具有最高法律效力的宪法功能大大折扣。
