2、限制了当事人权利的行使。在诉讼当事人并非自愿基础上达成的调解协议，只有牺牲一方当事人的合法权益为代价。法官通过种种方式促使当事人接受调解协议，即使当事人感到权益受到损害，但他无法通过上诉途径得到救济。当事人的实体权益在受到侵害的同时，诉讼权利也受到限制。最高人民法院《关于人民法院民事调解工作若干问题的规定》规定：“调解时当事人各方应当同时在场，根据需要也可以对当事人分别作调解工作”，这样一来，法官在调解工作中，不是采用面对面的方式进行，而是通过代理人或法官亲自出面“背对背”的方式，分别与当事人进行调解，双方当事人不见面，都摸不清对方的意图，只知道法官的个人意思。这不仅违背了公开原则，剥夺了当事人的知情权与程序参与权，也使法官的尊严受到损害。上述规定第二条规定：“对于有可能通过调解解决的民事案件，人民法院应当调解。”这说明了在诉讼调解中，法官可依职权主动介入，对可能调解的案件应当进行调解。然而在实践中没有那个法官能把握每一个案件都有可能调解，要做到这一点只有对所有案件都主动介入进行调解，使法官处于一个积极、主动的地位，对法官消极、中立、被动的地位弃之一边，限制和损害了当事人对程序的选择权。以上都造成调解协议在实质上的不公平，是一定程度上的历史到退。

　　（三）弱化了程序规则的运用，淡化了裁判文书的宣教作用

　　“法官在对民商事案件进行调解时，必须针对个案的特点和当事人的心理，耐心说服教育当事人，细心关注矛盾的发展变化，随时启发当事人在诉讼的各个阶段过成和解。”说明调解可以在诉讼的各个阶段进行，并不要求当事人遵循程序规则，且“一方面儒文化的积淀作为调解的道德基础，不断的教化着纠纷者，因此在双方的合作态度中，真相的恢复显得简单，而另一方面调解过程本身更多的依赖经验，凭借道德、良心，倚重感情、感化，往往通过在情理上取得共识的方式达成双方利益上的妥协，因此真相的考察显得并不那么重要，如有必要则不惜忽略甚至隐瞒真相。”调解对客观真相的恢复并不显得重要，强调的是结果，而非过程。对当事人来说，事实真相，证明责任分配及证据规则的适用都无关紧要了。经法官揉和后达成了调解协议，当事人经历了一场诉讼，事后对诉讼是怎么一回事，程序规则在法庭审理案件的作用依然模糊，对旁听群众和社会公众而言更是雾里看花。诉讼是通过过程和结果的公正性来说服案件当事人和社会公众，而结果的公正性通常是通过裁判文书的说理性来实现，从而达到说服教育的作用。这种未查明事实真相，只通过情理的沟通、压制式的调解方式不能起到应有的宣传和教育作用。