3．管理原则的差异
美国对转基因食品的管理原则是“合理的科学原则”，要求以科学为基础的规则，在此基础上才为消费者提供信息，不能根据科学的不确定性对新技术施加不合理的限制。美国政府反复强调：科学是管制的基石，必须有可靠的科学证据证明存在风险并可能导致损害时，政府才采取管制措施。Henry I.Miller 认为规制新技术的唯一的基础是“合理的科学”，风险预防原则的本质是有偏见的，不科学的，风险预防原则和法律的基本观念“除非证明有罪，否则无罪”相冲突，不能作为规则制定的基础。产品标准的建立和贸易争端的解决非常依赖于有效的科学原因，其为规则提供了合法的基础。[10]欧盟采用“风险预防原则”作为转基因食品管制的理论基础，欧盟的目前施行的有关转基因食品的3个规则和1个指令无论从原则还是从具体规定上都充分展现了风险预防的要素。2001/18号《转基因生物体的有意释放指令》中4次提到风险预防原则，32次提到风险评估。风险预防原则是欧盟一系列法律规定的核心。在此原则的指导下，欧盟规定了转基因进入市场前的详细的审批程序，进入市场后的可追溯性和标识要求，采取措施来应对转基因食品的科学的不确定性的存在。我国相关法律中，没有直接提出风险预防原则，但2009年的《
食品安全法》用整一章规定了风险监测和评估，风险监测和评估是采用管理措施的前提。尽管风险评估和风险预防是存在着差异的，但我国的《
农业转基因生物安全管理条例》和其他规定转基因的部门规定中都考虑了该原则。
“合理的科学原则”和“风险预防原则”两种管理原则对待转基因食品产生了管制方法的巨大差异。采用合理的科学原则时，对转基因产品和非转基因产品不需要做区分，利用现有的法律体系就可以完成对转基因产品的管制；采用风险预防原则时，对转基因产品和非转基因产品做出区分，并且需要制定专门的规定来预防转基因产品的特殊风险，采用禁止、限制、审批、标识、赔偿等风险预防措施，对转基因产品从生产到加工的整个过程进行控制。管制原则的不同，产生了管制方法的根本差异，也导致了标识规定上的具体不同。
4．管理方法的差异
美国对转基因产品法律规定的对象是产品本身。美国FDA明确宣布：“管制来源于转基因作物的食品与管制来源于传统作物食品的方法完全相同。无论食品是通过何种技术和方法制作而成，都是根据食品的客观特征和用途加以管制的。开发制造食品的方法本身虽然有时可以帮助理解食品的安全性和营养特征，但检查食品安全的关键因素仍然是食品的特征，而不是使用的新方法。因此现有管制食品安全的法律规定完全适用于转基因食品。”[11]美国反对根据转基因食品的生产制造方法对其进行特殊管制，而认为无论食品由何种技术生产制造，都应按照同样的标准进行管制。对于任何食品都只应考察其本身是否会给人类健康和生态环境造成威胁，而无论其是否为转基因技术的产物。基于这一思想，美国没有象欧盟那样制定一系列专门法律用于管制转基因食品，而是将转基因食品直接纳入保护人类健康和生态环境的现有法律管制框架之内。只有少数情况下，转基因食品才被认为可能带来额外的风险，而在标识方面有特殊的要求。美国FDA坚持实行自愿标识制度的原因是食品法仅要求对产品的特征加以标识，并不要求标识出产品的生产方法。虽然食品的生产方法与其安全性或者营养价值似乎存在某种内在关联，但FDA认为检验食品安全性的关键要素在于产品本身而非生产方法。[12]欧盟法律规定的对象是产品的生产方法，只要作物是由转基因生产的，就要进行区别对待，从种植到加工到销售给消费者的整个阶段都需要和传统作物以及传统食品区别开来。因为转基因技术是一种特殊的生产方法，该技术生产的产品区别于其他技术生产的产品。欧盟对转基因产品的管制是以生产过程为基础的管制。我国没有专门针对转基因食品的法律规定，2004年修订的《转基因农业生物标识管理办法》分三种情况对转基因生物进行标识：转基因动植物产品、转基因农产品的直接加工品、用农业转基因生物或用含有农业转基因生物成分的产品加工制成的产品，但最终销售产品中已不再含有转基因成分。这个分类中的第三类似乎可以认为我国也是以过程为基础的管理，但是该规定针对的是农业转基因生物。我国在转基因食品上缺乏规定，而且没有采用任何的有追溯性的管理和文件保存体系来保障生产过程的标识，因此，在综合理解我国一部立法、一部条例、六部部门规定和一项国家标准的有关规定的基础上，可以认定我国采用的是以产品为基础的转基因食品的强制标识制度。[13]
产品和过程的划分具有非常重要的意义，同样作为强制标识制度，以产品为判断标准，法律的执行是通过检测，只有可以检测到转基因成分时，才进行标识；以过程为基础的强制标识制度要求对整个生产环节的监控，即使最终产品中没有可以检测出来的转基因成分，也需要进行标识。以过程为基础的标识方法比以产品为基础的标识方法严格很多，它要求对转基因食品“农场到餐桌”都要进行标识。这两种方法最大的不同是在执行方面：以产品为基础的方法是通过测试来进行执行的，而以过程为基础的方法要求一整套的产品资料的保存和转基因和非转基因的严格分离，认定产品生产者和进口者资料的保存和可追溯性要求，可以从源头到最终包装来追溯和认定转基因食品和非转基因食品，以确保转基因食品和非转基因食品能够完全区分开，避免欺诈，市场的分化和身份保存费用较大。同样是强制标识制度，以过程为基础的转基因食品标识的执行成本大于以产品为基础的转基因食品的标识。对于发展中国家，A de Leon, Manalo and Guilatco 估计由于转基因身份保存带来的成本增加将导致菲律宾食品贸易和加工领域的整个成本增加11%到12%。[14]
