对于致敏性的标识，在目前已有的40多个规定了转基因食品标识的大部分国家都得到了认同，而且食品法典委员会在16年来对转基因食品标识的讨论中，这是唯一获得一致的一点。《来源于转基因食品的食品安全评估其可能的过敏反应行为指引附件》第2段指出：“现在没有可以信赖的明确的测试可以预测新表达的蛋白质可能引起人类的过敏反应。”[3]关于致敏性的规定属于对消费者健康警示中的一种，能够保障某些群体消费者的重要利益，是必不可少的。
（二）不同的方面
1．转基因食品定义的差异
美国与欧盟关于转基因食品的定义存在着分歧，从英语的语法角度来说，就是一个词的区别“from”和“with”。美国采用前者，而欧盟采用后者。[4]用“made from”表示该食品的原料全部是转基因生物，因此强调了产品；用“made with”则表示只要有一点转基因成分，哪怕是在生产过程中加入少量的，都可以称之为转基因食品。显然“美国是以产品为中心进行定义，只要能象往常产品一样安全消费就行；而欧盟则更多的关注生产过程，尽管最终证明对人体没有风险，但只要在生产过程中使用转基因物质，皆可定义为转基因食品。”[5]欧盟04年的新规则[6]确立了由转基因原材料精加工后食品，即使食品中不再检测得出转基因成分，也需要标识，并通过转基因的独特代码来确保从农场到餐桌的可追溯性，欧盟是以过程为基础的管理。我国新资源食品中的第四类“因采用新工艺生产导致原有成分或者结构发生改变的食品原料”具体指的就是转基因食品，我国对转基因食品的管理着重在食品原料这个环节，不要求对整个转基因食品的生产过程都进行分离和监控，也没有规定转基因的身份保存体系以确保对转基因食品的可追溯性管理，因此我国采用的是以产品为基础的管理。对转基因食品的不同定义决定了管理的方法是产品本身还是生产过程。
2．对实质等同的理解差异
1992年美国FDA公布的《来源于新的植物不同性的食品的政策申明》中认为转基因植物的组成“实质类似”于传统食品的组成，因此一般认为是安全的。也就是说，只要最终的产品实质上等同于传统食品就意味着获得结果的方法在安全性的决定上是不重要的。类似性可以通过化学组成的测试得到证明。当以上方法不能解决安全性关注时，应当进行喂养试验研究和毒理性测试。这个指引和OECD正在讨论的实质等同的概念一致。[7]通过这种方式，化学组成是美国转基因食品安全性评估的核心标准。美国政府不要求转基因食品进入市场前的批准。1997年欧盟的258/97号规则对实质等同作出了规定，和美国的理解相似，当转基因食品实质等同于传统食品时，不再要求风险评估。在90年代末期，许多产品根据该规则的简易程序在英国获得批准。但是在第1829/2003号《转基因食品和饲料规则》中，委员会删除了简易程序，理由是：“转基因食品的实质等同是短期的，值得争论的，实质等同是转基因食品风险评估的关键一步但不是风险评估本身”。[8]我国2007年《
新资源食品管理办法》第
26条规定：“实质等同，是指如某个新资源食品与传统食品或食品原料或已批准的新资源食品在种属、来源、生物学特征、主要成分、食用部位、使用量、使用范围和应用人群等方面比较大体相同，所采用工艺和质量标准基本一致，可视为它们是同等安全的，具有实质等同性。”《
新资源食品管理办法》借鉴了并细化了2002年《
转基因食品卫生管理办法》的规定。
在实质等同的理解上，美国认为当转基因食品实质等同于传统食品，一般不需要再对转基因食品进行风险评估，实质等同就是风险评估本身。欧盟在90年代初对实质等同采用的也是同样的理解，只是和传统食品比较的范围比美国的大，不仅包括化学成分的比较，还包括营养价值等其他方面的比较。但欧盟2003年的《转基因食品和饲料规则》放弃了这种实质等同的理解，认为实质等同是一个关键的风险评估工具，但不是唯一的一种方法。欧盟的规定肯定了实质等同的关键地位，但是否认了其作为一种原则的地位，也否认了实质等同是唯一的风险评估标准的地位。我国认为实质等同是新资源食品安全性评价的一个原则，但不是唯一的原则，还要进行危险性评估。我国规定的特殊之处在于比较的对象不仅包括传统食品，而且包括已经获得批准的新资源食品，也就是说，已经获得批准的转基因食品可以作为尚未获得批准的转基因食品的参照标准，扩大了实质等同的对比范围。
对于实质等同理解的差异是非常关键的，牵涉到在WTO的争议中，类似产品的认定问题。如果认为转基因食品和传统食品的一般关系是实质等同的，属于WTO中相关协定中的类似产品，那么对转基因食品强制加贴标识，将对转基因食品造成歧视。而且，进口转基因食品的标识和国内非转基因食品的比较结果将使得转基因食品的强制标识违反GATT1994第3.4条和TBT协议第2条，转基因食品的强制标识制度不能通过WTO相关协议的审查。所以，对实质等同地位和作用的理解是非常关键的。2006年9月29日作出裁判的欧盟转基因产品案中，美国认为转基因产品和非转基因产品是类似的，欧盟反对这种主张，我国作为第三方提出的意见赞同欧盟的观点。由于这个问题涉及到转基因产品的身份的关键问题，专家组的认定不仅对会对争端当事国产生巨大的影响，可能使世界上对转基因产品区别对待的国家的法律都面临违反WTO的危险，最后，专家组不得不回避了对类似性的认定。[9]可见，各国对实质等同的理解是存在巨大差异的，如果理解为转基因食品与传统食品的一般关系的指导准则，则不需要对转基因产品区别对待，如果理解为转基因产品风险评估的一种方式，可能要对转基因产品进行专门管理。
