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其次，强化水资源补偿的税收调节功能，建立水资源税收制度。调整和完善现行资源税，增收水资源税，发挥水资源税在保护水资源方面的调节作用。目前，水污染税在经济合作发展组织内的国家已经比较成熟，很多国家都开征了，并把这些收入专项用于水资源的环境保护，使税收在水资源保护中发挥巨大的作用。日本开征了水污染税，按照排污水量征税。根据日本法律，城市居民除负担水费外,还须负担污水处理费。1999年,城市居民平均支付的污水处理费为121日元/m3,而实际平均处理成本为206日元/m3。随着我国水危机的不断升级，在我国建立统一的水资源税制度已经非常必要。建议在开征水资源税的初期，为易于推行，税目划分不宜过细，税率结构也不宜太复杂。
再次，拓展水资源补偿投融资渠道，建立水资源补偿保证金制度。逐步建立政府引导、市场推进、社会参与的水资源补偿和水资源环境建设投融资机制，积极引导国内外资金投向水资源保护领域加大投入。按照“谁投资、谁受益”的原则，支持鼓励社会资金参与水资源建设、水资源污染整治的投资。积极利用国债资金、开发性贷款，以及国际组织和外国政府的贷款，努力形成多元化的资金格局。此外,所有企业都必须在缴纳一定数量保证金后,才能取得排污许可，保证金应根据每年生态损害需要治理的成本加以征收，要能满足治理所需全部费用。保证金可以通过地方环境或国土资源行政主管部门征收上缴国家，也可以在银行建立企业生态修复账户、政府监管使用的方式缴纳。若排污企业未按规定履行水资源补偿义务，政府可动用保证金进行生态治理。
此外，充分发挥政府和市场的互补作用，积极探索市场化生态补偿模式。政府是生态效益的主要购买者，同时利用市场机制使经营者能获得应有的利益。世界各国在生态补偿的模式上，政府购买模式仍是支付生态补偿的主要方式。政府完全可以利用市场手段和经济激励政策来提高水资源的生态效益。政府应着重培育水资源市场，开放生产要素市场，使水资源资本化、从而使水价能够真正反映它们的稀缺程度。积极探索水资源使用权、排污权交易等市场化的补偿模式；引导鼓励水资源环境保护者和受益者之间通过自愿协商，实现合理的生态环境补偿。
我国水资源补偿制度的建立也应遵循政府和市场互补的原则，在完善政府财政转移支付制度、水资源税收制度的同时，还应逐步完善水权制度、交易机制、价格机制，发挥市场机制对水资源供求的引导作用，建立公平、公开、公正的水资源利益共享及相关责任分担机制。尝试应用政府补偿与市场化补偿相结合的机制对于水资源开发与利用进行补偿，是一种可供选择的制度路径。
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