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对水源区的利益补偿是区域利益补偿的一个比较典型的情形。水源区要承担库区淹没损失、因保护库区生态环境和水质的需要而使生产和生活活动受到限制等影响，而因此受益的却是下游地区，所以通过恰当的利益补偿机制对水源区进行补偿是必不可少的。
“水源地区对策基金”是与《水源地区对策特别措施法》基本上同时形成的另一种利益补偿机制，其基本定位是作为《水源地区对策特别措施法》的补充。基金的构成主体是流域上下游各有关地方政府，以财团法人的形式进行管理。如果河流是《水资源开发促进法》所指定的“水资源开发水系”，则中央政府对基金的原始资金给予一定的资助。“水源地区对策基金”的用途主要包括：库区移民的安置对策（对购买替代房地产提供贷款贴息、设置生活咨询员等）、地区振兴对策（建设道路和生产性基础设施等）、开展上下游交流（举办各种活动）等。也有一些流域的基金对水源区营造水源涵养林予以资金援助。
除此之外，还有一些地方开展了具有独创性的探索。如丰田市于1994年在全国率先建立了“丰田市水道水源保全基金”，用于上游水源涵养林的维护和管理。该基金从丰田市民交纳的水费中按每立方米1日元提取，每年年度积累额的一半用于对上游5个町、村发包的人工林间伐工程支付工程款。
四、日本水资源补偿机制对我国的启示
从总体上来看，我国由于机制不完善，法制不健全等原因，使得生态环境补偿机制未能全面普及和推广。虽然我国提出要建立并完善有偿使用自然资源和恢复的经济补偿机制，坚持“谁开发谁保护，谁破坏谁恢复，谁使用谁付费”的制度，但在实际执行中，由于我国资源环境保护治理资金不足，资金难以落实，行之有效的补偿制度体系尚未建立。因此，建立有效的水资源补偿机制，我们要做的工作还很多。
日本有关水资源补偿机制的做法为我国提供了有利的经验和借鉴。借鉴日本先进成熟的做法，采纳和吸取其中合理的并适合于我国国情的成分，将这些成功经验融入我国的机制建设，既可以开拓我们的立思路，又可以加快我国的水资源补偿机制建立进度。从这样的基本认识出发，在借鉴日本的有关做法的基础上，对完善和健全我国的水资源补偿机制，提出如下思考和建议。
首先，加强水资源补偿立法，规范和约束水资源开发与利用行为。目前，我国还没有一部统一的有关生态环境补偿的法律，现有立法比较零散、不全面、适应性不强，所以国家有必要制定水资源补偿法，对水资源的开发与管理、生态建设、资金投入与补偿的方针、政策进行统一协调，科学确定生态环境补偿标准、补偿方式和补偿对象，这是建立和完善水资源补偿机制的根本保证。立法除规定水资源保护各类主体对保护水资源的责任和义务之外,还应规定国家对水资源实行利益补偿的原则,作为实施利益补偿的法律依据。建议尽快出台《水资源补偿条例》，然后在条例的基础上再进一步修改完善，力争出台《水资源生态补偿法》。可选择有条件的地方、类型先行试点，研究探索水资源补偿的有关办法、标准、制度等，逐步做到规范运作，取得经验后再逐步推开。
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