因此，我认为生态补偿机制的建立，需要高效的管理体制作为支撑。我们应适时建立统一的协调机构，设立必要的监督机构，建立生态补偿鉴定评估机构，建立确保公众参与的机制以及严密的生态补偿申请、管理、补偿和评估程序，使生态补偿的金额和程序透明、公开，真正让保护地的老百姓感受到保护生态给自己的生活带来的转变。
三、日本水资源补偿的现状和主要模式
目前，日本的水资源管理法律体系以《水资源开发促进法》为龙头，主要包括《水资源开发公团法》《水源地域对策特别措施法》《河川法》《特定多目的大坝法》《电源开发促进法》《工业用
水法》《水道法》《工业用水道事业法》《工厂排水规制法》《水质保全法》《水质污浊防止法》《湖泊水质保全特别措施法》等项法律。《水资源开发公团法》、《水源地域对策特别措施法》《河川法》《工业用
水法》《水道法》《湖泊水质保全特别措施法》等法律中对水资源生态效益补偿作了相关的规定，形成了一套完整的水资源生态效益补偿制度。譬如公布于1964年的《河川法》,是关于河流管理的重要法律,对河流管理的原则、中央与地方政府在河流管理上的分工、河流利用的规制、河川审议会制度等做了详细的规定。[7]该法对河川管理费用的分担原则规定了赔偿制度，这也是水资源生态效益补偿中的一种形式。该法规定:除《河川法》和其他法律有特别规定外，一级河川的管理费原则上由国家负担，二级河川管理费原则上由该河所在的都、道、府、县负担。由于河川是公共财产，管理的最终目的是减少在公共财产使用中产生的外部不经济性，因此建立赔偿制度可筹集资金，利于河川的管理。这也是我国水法规中最为欠缺的地方。[8]《水源地域对策特别措施法》公布于1973年,其目的是为水库周边地区居民进行利益补偿提供法律依据。
日本很早就已经认识到建立水源区利益补偿制度的必要性。20世纪60年代日本经济步入高速增长时期以后，当时工业和城市用水急剧增加，需要大量修建水库以开发新的水源。但水库的建设主体与库区居民之间往往就补偿问题旷日持久地争执不下。人们开始认识到，仅仅靠水库建设主体能够承担的经济补偿是不够的，需要采取更为综合的对策。在这种背景下， 1972年，日本制定了《琵琶湖综合开发特别措施法》，这在建立对水源区的综合利益补偿机制方面开了先河。在1973年制定的《水源地区对策特别措施法》中，则把这种做法变为普遍制度而固定下来。目前，日本的水源区所享有的利益补偿共由3部分组成：水库建设主体以支付搬迁费等形式对居民的直接经济补偿；依据《水源地区对策特别措施法》采取的补偿措施；通过“水源地区对策基金”采取的补偿措施。[9] 根据《水源地区对策特别措施法》的规定,当建设水库或湖泊水位调节设施时,均需由所在地的都道府县政府制定综合的水源区综合发展规划,对于根据规划实施的项目(包括土地改良、治山治水、上下水道、道路、义务教育设施等公共工程),国家依法提高经费负担的比重,各级政府和水库建设主体对因水库工程而失去原有生活基础的居民负有妥善安置的义务。从截至1999年底为止的水源区综合发展规划的实施情况来看,道路建设占项目经费支出的比例较大,仅此一项就占了总支出的近50%；其次是土地改良,占11.3%。从经费的负担主体看,中央政府占47%,都道府县政府占24%,市町村政府占27%,其他主体占2%。
