调整人与自然的关系是国内外环境资源法律中的指导思想。例如日本的《环境基本法》中强调：“现代以及未来的人类享受健全而又富饶的环境恩泽的同时，必须妥善地维护人类生存发展基础的环境，直到将来。”目前，以“人与自然和谐发展”为核心的可持续发展战略已经为世界各国政府所采纳，也被世界广大民众所接受。我国把建设生态文明，实现人与自然和谐发展列为全面建设小康社会的重要目标之一。胡锦涛在十七大报告中鲜明地指出:必须坚持全面协调可持续发展。坚持生产发展、生活富裕、生态良好的文明发展道路，建设资源节约型、环境友好型社会，实现速度和结构质量效益相统一、经济发展与人口资源相协调，使人民在良好生态环境中生活，实现经济社会永续发展。
实现人与自然的和谐发展，人为界定的行政区域间的协调就显得越发重要。目前为止，虽然没有直接针对区域环境行政协调机制构建的理论研究，但是相当多的大家学者对此问题表示出了高度的关注，也在各自的研究成果中，涉及到这个问题，并做了一定的研究和设计。吕忠梅、蔡守秋等学者在其所著的《长江流域水资源保护立法研究》中、吕忠梅在《<
水污染防治法>修改之我见》中，提出了“流域控制”理念，并将之建立在可持续发展的环境观、生态观和环境伦理的基础上，认为在流域水资源保护法的研究中要吸收流域生态平衡、流域整体性和流域系统相关性的思想，注重协调水质和水量、政府管理和市场调节、水资源的开发利用和保留、污染的预防和治理之间的关系。设计了《长江流域水资源保护条例》，主张对长江整个流域实行统一的法律保护。同时，吕忠梅教授还对目前水资源区域管理体制的不足进行了深刻思考，指出区域管理的法律运行机制缺乏诱发了长江流域的“公地悲剧”。叶必丰主编的《长三角法学论坛——论长三角法制协调》，以区域法制建设为视角，对资源保护等问题进行研究，论述了长三角区域经济一体化进程中的法制建设、立法协调、法治协作及法律冲突解决机制等问题。
(一) 目前学界关于环境保护中涉及跨区域保护的方面提出的立法建议。
国家有关文件提出，“按照区域生态系统管理方式，逐步理顺部门职责分工，增强环境监管的协调性、整体性。建立健全国家监察、地方监管、单位负责的环境监管体制。”[8]水资源的保护、固体废弃物的跨境运输等方面受到学者们的较多关注。余跃军、高利红在《<
水法>中的水资源保护制度研究》中，结合
水法和相关立法的立法原则、管理体制，提出了总量控制制度、许可证制度、供水分配制度、有偿使用制度等制度选择，为构建完善的水资源保护制度提供了可靠的理论支持；胡熠在《论构建流域跨区水污染经济补偿机制》中，提出通过区际协调机制、污染损失评估机制、补偿资金的筹集机制和水污染应急处理机制等，建立流域跨区水污染经济补偿制度；蔡昱在《建立流域上下游生态补偿基金的思考》一文中建议，建立生态补偿基金以平衡上下游区域间的利益；杜万平博士从环境行政权的角度，在《环境行政权的监督机制研究——对环境法律实施状况的一种解释》一文里提出，为了有效防治水污染，必须建立健全环境行政权力的监督机制，促使环境行政机关恰当地行使权力等。
