（一）日本民法规定的利用与保护自然资源的物权种类
基于物权法定主义原则，日本民法第二编明确规定的物权种类包括占有权、所有权、地上权、永佃权、地役权、入会权、留置权、先取特权、质权、抵押权等十个种类。[3]一般情况下，日本民法上并不承认土地上的植物、树木是独立的不动产，而认为土地上的植物、树木是土地的一部分，即使是在土地上后栽种的植物、树木，也被土地所有权吸收，而不能成为独立的物权客体。但在如下情况下，可作为所有权客体。一是，《树木法》所规定的树木、树木集合，在经过登记之后，与地盘分离而具有独立所有权（《树木法》第1条、第2条）。二是，明认方法。未分离果实、桑叶、水稻青苗，在作为独立物进行交易并采取了明认方法时，与地盘分离而具有独立所有权。三是附合的情形（民法242条）。因此，土地所有权人可以根据民法关于所有权、地上权、地役权、永佃权、入会权的规定，行使其土地所有权，并获得相关利益；而其他相对人，则可根据自己的需要，与土地所有权人协商设定不同类型的用益物权来获取利用与保护自然资源的相关物权权利。根据日本民法的规定，适用于利用与保护自然资源的物权类型的有土地所有权，以及地上权、地役权、入会权和永佃权等用益物权。
1．土地所有权
根据日本民法第206条规定，所有人在法令限制内对所有物享有自由使用、收益及处分的权利。第207条规定，土地所有权在法令限制内及于其土地的上下。
关于海面下的土地，多数说认为，由于海面是供公众之用而不允许私人独占的公共物，因此，不可作为私人所有权（公有水面填埋法1条24条）。与此相对，反对说认为，应该在考虑被海水淹没的经过、现状、当事人的意思等具体情况的基础上再予以判断。判例认为，如果一般认为其能够利用而具有财产价值，则即使是在水面之下，也能作为物权的对象。[4]
2．用益物权
日本民法典上规定的用益物权包括地上权、永佃权、地役权和入会权等四种情形。
(1）地上权
根据日本民法第265条关于“地上权人，因在他人土地上对工作物或竹林的所有而享有使用其土地的权利”的规定，地上权是以修建房屋、隧道、沟渠、架桥以及植林等为目的而使用他人土地的物权。其中，本条虽然未对竹林进行限制，但由于作为耕作标的物的水稻、茶树、桑树、蔬菜、果树等属于永佃权的标的物，因此，指除作为永佃权标的物的水稻、麦子、茶树、桑树、蔬菜、果树等之外，地上权人可以在其所设定地上权的土地上，耕作一切植物。[5]
(2）永佃权
日本民法第270条规定，“永佃权人通过支付佃租享有在他人土地上耕作或牧畜的权利”。其中，永佃权人是以耕作水稻、麦子、茶树、桑树、蔬菜、果树等为标的的。尽管土地所有人与永佃权人可通过永佃权设立契约成立永佃权，但是，根据日本《农地法》第3条的规定，永佃权的设立须获得农业委员会乃至都道府县知事的许可。
(3）地役权
根据日本民法第280条关于“地役权人，按设定行为所确定的目的，享有用他人土地为自己土地提供便益的权利”的规定，地役权是根据设定目的而通过设定行为设定的地役权人享有用他人土地为自己土地提供便益的权利。以提供便利的目的不同为标准，地役权可分为通行地役权、引水地役权、电线铺设地役权、眺望日照地役权等。地役权的“役权”，是指增加便益，发挥效用的权利。与地役权相对，有些国家在立法上也承认了增加人的便益的人役权。在日本民法上，尚未承认人役权。但在日本特别法中，也有一些承认类似人役权权利的规定。如日本农用林的利用权（农地法第26条，第75条之2）；草地利用权（农地法75条之1；森林的土地使用权（
森林法第
50条）；土地征用法上的土地使用权（土地征用法101条）保安林（
森林法25条）。[6]
