（二）明确行政主管部门及其职能，健全管理体制
　　
　　湿地的管理和保护涉及到土地、水、生物、矿产等多种自然资源，而且还涉及到经济、社会、生态、环境等各个方面。综合生态系统管理的原则要求综合对待生态系统内的各组分，以整个生态系统为考量对象，来确定管理的各项内容。我国湿地立法应当考虑将湿地范围内的水体、土壤、植被、动物、微生物及其构成的生态系统作为统一整体进行管理。设立统一的湿地保护管理机构，对湿地整体及其构成资源予以统一管理，实为必要。而根据综合生态系统管理的原则2，管理应当下放到最低的适当层级。我国幅员辽阔，湿地又具有很强的地域性，各地区湿地的种类和特点差异很大，所以在具体机构设置时，可以考虑根据我国湿地的区划设立与地方政府平级的专门地方湿地管理的综合机构，统一领导该区划内的湿地管理工作。根据湿地各要素管理的具体需要，将管理任务分派到各个地方政府部门，明确各部门对其管辖下湿地的权力范围。《江西省鄱阳湖湿地保护条例》就确立了这样的管理体制。该条例规定江西省人民政府鄱阳湖湿地保护综合协调机构负责湿地保护工作，该综合机构由环境保护、农业、林业、水利等有关行政部门组成，还规定了其他部门的配合职能。这种管理模式通过新设立的专门的湿地保护综合管理机构统一湿地管理权，其他部门负责配合，进行监督，权力集中、分工明确又能协调各部门的权责，提高了湿地保护的效率。[6]
　　
　　（三）矫正立法价值目标，重视湿地的生态价值
　　
　　我国湿地立法应从整体湿地生态系统的高度来规范与湿地有关的各种行为，保护湿地的生态功能，矫正现行立法的价值目标错位。用综合生态系统管理的理念指导湿地立法，保障湿地的生态、经济和社会效益的充分发挥，实现湿地资源的可持续发展。根据综合生态系统管理的原则5、6、10，湿地立法必须以维护湿地生态系统平衡，保护湿地功能和湿地生物多样性，实现资源的可持续利用为基本出发点，坚持“全面保护、生态优先、突出重点、合理利用、持续发展”的方针。根据原则7、8、9、10，湿地管理部门应当因地制宜，制定湿地管理的长远目标和计划，将湿地作为一个整体，充分考虑生态系统内部各要素的联系，平衡开发利用与保护，在湿地的承载能力范围内进行开发、利用，维护湿地生态系统的完整性。针对可能发生的变化，还必须有相应的对策和措施。各级政府应将湿地保护行动计划制度化、法制化。法定计划性工作在执行中可以得到政府各部门的认真贯彻和相互支持，减少矛盾和冲突，从而实现既定目标。
　　

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