（二）管理机构和权限不明确
　　
　　湿地保护直接或间接涉及到林业、渔业、环保、工商、海洋、农业、土地、交通、地矿等部门，但现行法律没有明确各部门之间的具体职责及协调合作等内容。国务院规定国家林业局“组织、协调全国湿地保护”工作，但实际上不同部门在湿地保护、利用和管理方面的目标和利益不同，导致各部门之间相互争夺或相互推诿，湿地资源多头管理、交叉管理的现象。各部门各行其是，各自为政的现象时有发生，影响了湿地的科学管理。
　　
　　（三）偏重经济价值，忽视生态价值
　　
　　任何资源都既有经济价值又有生态价值，但对于不同的资源，其侧重程度又有差异。湿地之所以要予以特别保护，原因即在于其独特的生态功能所带来的巨大价值。湿地生态系统所具有的纳垢净污、调节气候、丰富生物等功能，是湿地区别于一般土地的根本所在。传统资源法对自然资源的利用主要是从经济效用的角度加以考虑，甚少考虑资源的生态价值；其目的在于如何更好地对资源进行开发、利用而非保护，即便现代愈来愈多地考虑到生态因素，也只是为了在如何尽量避免对生态环境造成破坏的前提下更好地对资源加以经济利用，而非积极利用资源的生态功能。在此思想下的资源立法显然与应主要利用湿地之生态价值的立法不符合，难以起到切实的保护作用。[4]
　　
　　（四）缺乏公众参与
　　
　　目前，我国湿地的法律保护主要依靠的是政府，当地居民、社区和非政府组织缺乏参与有关湿地决策的有效途径，导致湿地利益相关者未能与政府、行政部门平等对话，不能有效解决环境权益和经济利益冲突；同时导致湿地利益相关者缺乏湿地保护的法律意识，盲目开采和过度利用资源现象严重。现有的湿地立法中的公众参与仍停留在法律的原则性规定中，尚未具体化、制度化，缺乏可操作性和相应的法律救济。从参与的内容来看，主要集中在宣传教育方面，尚未触及湿地保护决策的参与，这极大地限制了公众参与的层次和公众参与作用的发挥；从参与的过程看，主要侧重于对违法行为的事后监督，事前的参与不够，不能实现湿地保护法律法规的预防目标。[5]
　　
　　三、综合生态系统管理原则指导下我国湿地立法的完善
　　
　　（一）明确湿地的概念，厘清权利关系
　　
　　由于“湿地”的概念直接关系到法律保护对象的范围，因此，我国湿地管理需要解决的首要问题，就是通过立法明确“湿地”的内涵与外延，并加以统一。依据综合生态系统管理的原则，明确了对象的范围，才能确定相应的利益相关者，进而明确各主体的权利义务，厘清各主体间的法律关系，达到科学有效的管理。鉴于《湿地公约》中“湿地”定义的科学性、概括性，并且为国际社会所共同认可，我国又是《湿地公约》的缔约国，因此建议我国湿地立法采纳《湿地公约》中的“湿地”定义，即“湿地系指不问其为天然或人工、长久或暂时之沼泽地、湿原、泥炭地或水域地带，带有或静止、或流动、或为淡水、半咸水或咸水水体者，包括低潮时水深不超过6m的水域。此外，湿地可以包括邻接湿地的河湖沿岸、沿海区域以及湿地范围的岛屿或低潮时水深超过6m的水域”。

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