(2)复核期限的无时限性。死刑案件固然对实体公正的追求远远超过一般刑事案件，但这并不意味着死刑复核程序就可以完全无视效率价值，效率价值仍是死刑复核程序的重要价值内容。在合理的时限内结束死刑复核程序仍然是程序正义和效率价值的基本要求，死刑复核程序也不能无限期的拖延下去，不能久核不准。但我国目前的死刑复核程序恰恰没有期限限制，导致为数不少的死刑案件久拖不决，进而导致超期羁押现象屡禁不止，边清边超。
(3)被告人的辩护权缺乏明确法律依据。虽然我国刑事诉讼法在总则第1章第11条规定：“……被告人有权获得辩护，人民法院有义务保证被告人获得辩护”，总则第4章辩护与代理中对被告人的辩护权进行了全面系统的规定，但在第3编第4章死刑复核程序中却并没有明确规定被告人的辩护权。实践中有的复核法院就以刑事诉讼法没有明确规定为由拒绝被告人方委托辩护人的要求。
(4)被告人参与的有限性。死刑既然是直接关系到被告人生命权的最严厉的刑罚方法，必然要求赋予被告人更多的程序保障和诉讼权利，必然要求被告人更加充分的参与诉讼过程，拥有更多的申辩机会和获得减刑的便利条件。而我国目前的死刑复核程序恰恰对被告人的程序参与权重视不够，特别是最高法院复核死刑案件大多不提审被告人，导致被告人无法当面向复核法官就自己无罪、减轻或者免除处罚进行辩解，同时也失去了一个检举揭发其他犯罪的立功机会，可能造成一些死刑案件的错判误判，不利于死刑案件被告人诉讼权利的保障[6](P.264)。
(5)检察监督的疲软性。由于刑事诉讼法并没有明确检察机关有权对死刑复核程序实行法律监督，也没有明确规定检察机关介入死刑复核程序的程序和形式，所以，虽然从理论上认为检察机关有权对刑事诉讼的全过程实行法律监督，但司法实践中检察机关往往无从介入死刑复核程序，导致死刑复核程序检察监督的空白。
针对我国死刑复核程序存在的问题，一些专家学者提出了改造死刑复核程序的理论构想。主要的观点认为，应当对我国的死刑复核程序进行三审终审制改造：
基本的思路是，对于死刑立即执行案件，一般由中级人民法院作为第一审法院，高级法院作为第二审法院进行审理;高级法院在进行第二审程序时，要对一审裁判涉及的事实和法律适用问题进行审查，并通过开庭审理，着重就事实认定问题进行复审。被告人如果对该级法院的二审裁判仍然不服，可以就案件适用法律问题，向最高人民法院提出第二次上诉。最高人民法院通过开庭审理，仅对原审死刑裁判中涉及的法律问题进行审查，并作出最终的裁判[7](P.475) 。
陈卫东教授也提出对死刑复核程序进行三审终身制的基本思路：一是中级法院一审判处死刑的案件，强制上诉到高级法院，上诉权不得放弃。高级法院依照第二审程序进行审理，全面审查案件事实和适用法律问题，既增加一次检验把关的机会，从而有利于保证案件的质量，又为最高法院的审理奠定了基础。二是高级法院二审判处死刑的案件，被告人及其法定代理人可上诉到最高法院，检察机关可抗诉到最高法院，上诉、抗诉的期限可以规定为10日。最高法院对上诉理由采取全面审查原则[8](P.103) 。上述理论构想无疑对于进一步规范和完善我国的死刑复核程序，保证死刑案件的公正判决和诉讼参与人的充分参与无疑具有重要参考价值。但就笔者看来，我国目前的死刑复核程序是否进行三审终审制改造似乎意义不大，理由如下：
(1)死刑复核程序实际上是我国古代死刑复奏制度等死刑案件程序制度的继承和发展，是我国历史经验的总结和传承，是古代刑事法治文明在现代社会法治中的积淀和演变，具有自身存在的历史合理性和现实意义。多年的司法实践也有力地证明了死刑复核程序在严格控制死刑适用，有效防止错杀、误杀、冤杀方面发挥着不可替代的作用。
