（二）立法原因
立法原因主要是指农村生态环境立法缺位，已有立法对农村生态环境保护力度不够。《
环境保护法》立法时间较早，受时代影响侧重于工业污染控制和城市环境保护，对农村生态环境保护方面关注不够，仅有几个条文很简单。我国目前的诸多其他有关的生态环境法规，如《
固体废物污染环境防治法》、《
水污染防治法》、《
大气污染防治法》等，对农村生态环境管理和污染治理的具体措施与制度规定不足。二是农业自然资源利用与生态保护缺乏统一规范，并且未能将农村环境、农村自然资源和农村生态的保护统一起来，农民的环境权益无法得到有效保障。三是行政法规不到位，本应弥补农村生态环境的上位立法的过于原则性和不足这种情形，却未能出台一部农村生态环境保护的综合性行政法规。“一些重要环境领域还存在立法空白,如土壤污染防治、农用塑料薄膜污染、农村噪声污染、农村生活污水污染、农村环境基础设施建设等方面的立法基本是空白” 。 ③各地方即使有相关地方法规，在规定上也不尽相同，比较混乱，并且是条块分割，形不成完整统一制度体系。如农业部负责农业环境保护工作，主要是保护和管理农业环境，控制农药、化肥、农膜对环境的污染，推广植物病虫害的综合防治。国家环保总局负责农村村镇环境保护工作，各个地方政府所颁布的农业生态环境保护条例涉及到渔业、水利、林业多个部门，内容和规定都存在差异。因此，加强立法工作，完善农村环保的地方性法规体系是农村生态环境保护的基础。将来的《
环境保护法》的修改应强调农村生态环境保护，并制定农村生态环境单行法；相关法律法规的立法也要关注农业生态环境的保护。同时尽快制定《土壤污染防治办法》等专项法规，逐步把农村环境保护纳入法制化管理体系之中，修订原有涉及农村环境保护而不适宜的法律法规，做到有法可依，责权清晰，有效防止农村地区种植业、养殖业、工业、生活以及外来污水和废弃物的污染，防止农村生态遭到破坏。
（三）法律制度原因在农村生态环境保护制度方面，考察现有的有关生态环境建设的基本法律制度，会发现现有的制度比较零散、不全面，缺乏对农村生态环境建设的基本法律制度系统而明确的规定，无法满足生态环境建设的实际需要，从而导致制度缺位、制度执行和监督不力的情况。目前相关法律法规虽已建立了环境影响评价制度、排污收费制度、污染集中控制制度、限期治理污染制度等一系列生态环境管理制度，但这些制度主要应用于城市环境污染的治理方面。同时在农村生态保护方面仍存在制度缺位现象，至今仍没有一套治理农村生态环境问题的制度具体安排。在这种制度缺位的情况下，诸如土地退化、水土流失、水资源浪费与污染严重等重大生态环境问题难以得到有效治理。再次，尽管在有些方面建立了制度，但由于制度执行不力，致使制度功能不能有效发挥。从环境污染的治理制度来看，如排污收费制度，资源收费制度虽然对控制环境污染有积极的作用，但在实施中存在着一定问题。此外，生态环境保护和建设是一项系统工程，涉及计划、农业、林业、畜牧、水利和科技等多个部门，管理体制与环节多、各项治理措施相互脱节，造成制度执行和监督不力。因此要尽快建立起农村生态环境保护的基础制度。“农村环境保护制度和考核体系建设要尽快建立,将城市环保和农村环保置于平等位置,从法律、法规体系上,对农村环境保护制度的建立提供依据”， ④它是构成农村生态环境建设法律的基本内容，对于实现生态环境建设法律的目的与任务具有极为重要的意义。这些制度应当包括：除继续完善排污许可证制度、征收排污费制度、环境影响评价制度等制度在农村环境保护工作中切实可行外，还应建立如下制度：农村生态环境建设规划制度、农村清洁生产促进实施制度，生态环境建设问责制度、农村环保责任制度和农村生态环境考核制度，畜禽养殖污染防治管理制度、生态环境监测制度、农村生态环境信息公开制度、农村生态环境补偿制度、农村生态环境建设财政转移支付制度、生态环境破坏事故防范与预警制度、农村环境纠纷法律援助和公益诉讼制度等。
