虽然关于生态补偿的定义有所不同，但关于其类型的认识却基本达成了一致，即根据补偿发生原因的不同，生态补偿分为抑损性生态补偿和增益性生态补偿两大类。抑损性生态补偿是指国家对合法开发、利用自然资源造成生态破坏、生态效益减损的行为人收取的，用于保护、恢复生态功能的费用。增益性生态补偿则是指国家对因生态保护和建设而使生态效益得以维护或增值，并使他人受益而自己遭受损失的行为人支付的用于弥补其经济损失的费用。矿产资源的生态补偿是典型的抑损性生态补偿，自然保护区的生态补偿则是增益性生态补偿的代表。
（二）自然保护区生态补偿的理论基础——从经济学、生态学和法学的视角
环境保护法是典型的交叉学科，其内容涉及经济学、生态学、地球科学、法学等多个领域。作为
环境保护法研究的内容之一的自然保护区生态补偿机制，也应采用联系的观点，从经济学、生态学和法学三个方面来分析其理论基础。
1.自然保护区生态补偿的经济学基础
经济学追求的是如何使利益最大化，即如何以最少的投入得到最大的产出的问题。公共物品理论和外部性理论是经济学中的两个重要理论，也是自然保护区生态补偿的经济学基础。
（1）公共物品理论
经济学上将物品分为私人物品、公共物品、俱乐部产品和公共资源。公共物品是能够同时供许多人使用，并且供给它的成本与使用它的效果并不随使用它的人数规模的变化而变化的物品。公共物品是公共利益的具现化，它具有非排他性和非竞争性。公共物品的这一属性会导致这样的结果：如果公共物品在市场上进行交易，没有消费者会愿意自行购买，而是等待别的消费者购买以便自己可以免费享用其所带来的利益，这就是经济学上的“灯塔效应”。每艘航行的船只都需要灯塔作为航标，但没有人会自愿对灯塔进行维护和修理，这种情况下就需要政府公权力的介入。
自然保护区及其所能产生的生态效益属于公共物品。自然保护区具有重要的生态价值和社会价值。比如其存在保护了生物多样性资源，其中的大量森林资源又有净化空气、调节气候、涵养水源、保持水土的作用。这些生态效益是自然保护区内的居民牺牲自身的经济利益来进行维护的，因为自然保护区内一般禁渔、禁猎、禁伐，一些以此为生的居民丧失了基本的生活手段，致使生存受到威胁。因此生态效益的受益者不应免费享有这些效益，而应支付相应的费用，把生态效益作为一项生态产品进行购买。否则受益者会因不需付费日益增多，维护者则因得不到补偿而减少，最终会造成生态效益这一产品的供求不平衡，从而形成恶性循环，不利于生态保护工作的进行。
