立法是流域综合管理的基础。从世界范围来看，流域综合管理的立法大都确立了流域管理的目标、原则、体制和运行机制，并对流域管理机构进行授权。例如法国《
水法》明确以水资源的平衡管理为目的，在尊重自然平衡的同时，使水资源保护、增值以及开发符合大众利益，并建立新的行政管理机构。
我国流域管理立法可以针对具体国情采用针对专门流域的立法模式，以平衡不同利益要求，实现流域水资源可持续发展目标。具体而言，可以专门制定对我国可持续发展中具有举足轻重的作用流域的法律，如《长江法》、《黄河法》等，这些立法应具有流域管理的综合性，是流域管理的基本立法；同时，又因针对具体流域而具有特殊性。其内容应包括：立法目的、立法原则、适用范围、权属制度、流域管理体制设置和运行原则、信息公开与公众参与制度、流域管理规划制度、流域水资源保护制度、流域水工程管理、河道管理及防洪管理制度、相关利益方的权利和义务、流域管理的经济措施等。
立法模式是影响立法成本的决定性因素之一，并且直接决定着立法的实效与权威。由于我国流域水资源管理涉及多方利益主体，存在多元利益交叉情况，为了保证我国流域管理立法的实效和权威，应由全国人大或其常委会制定法律，提高立法的层级。这样不仅能协调流域不同区域的利益要求，还能避免不同部门、不同地区的重复立法以及相互之间的立法冲突，从而降低立法成本，节约社会资源，提高立法效率。
（二）建立有效的流域管理体制
我国现行法律规定的流域综合管理体制是“统一管理与分级、分部门管理相结合”，其实质是“统一管理与分散管理相结合”或“流域管理与部门管理和行政区域管理相结合”的管理体制。[6]但现行的流域管理体制已不能满足可持续发展需要，需要建立更为有效的流域管理。
有效的流域管理机构是实施流域综合管理的体制保证。目前，世界主要国家和地区大都根据相关立法、协议或政府授权建立了流域管理机构。如澳大利亚通过联邦政府与州政府的《墨累－达令河流域动议》建立了墨累－达令河流域部级理事会、流域管理委员会和社区咨询委员会；美国《田纳西流域管理局法》，成立田纳西流域管理局(TVA)；加拿大根据《可持续发展宪章》建立弗雷泽河流域理事会。
流域管理机构作为利益相关方参与的公共决策平台，其权威性往往是各种利益平衡的结果与反映。有效的流域管理机构通常有法定的组织结构、议事程序与决策机制，其决策对地方政府有制约作用。由于我国现行的流域管理体制形成了中央和地方政府的许多部门参与水资源的管理，流域区域利益相关方利益冲突，给流域的城乡供水、水污染防治、水资源及生态保护等工作带来了很多障碍，造成水资低效源管理。虽然流域管理机构的权限范围会随着流域问题的演变而有所调整，其权威性也会受到来自地方与部门的挑战，但符合国情与流域特点的流域机构依然是流域综合管理的体制，其保障能够真正起到指导流域水资源有效且可持续利用、流域社会经济可持续发展的重要作用。流域管理的合理权利结构是流域管理有效实施的保障。在流域综合管理的框架下，对支流与地方的适当分权是流域管理落到实处的重要保障。
