2、跨行政区域管理的方法。通过跨行政区域管理来保护生态系统，是生态系统结构多样性和功能多元性的要求，也是整合生态系统保护和区域综合管理的体现。要根据政治体制、区域政府行政能力、文化历史背景、资源习惯利用方式和传统管理模式等多种因素做循序渐进的机制安排，包括法律、法规、地方规章和政策的安排，上一级行政首长领导下的协调机构安排，以及区域政府之问长期或短期的协调和合作机制安排。
3、科学研究与管理制度相结合的方法。现代自然科学研究为生态系统的保护奠定了坚实的技术、理论基础，也为生态系统的管理制度提供了切实的方法论指导。生态系统管理不同于一般的社会管理活动，其终极目标也是为了实现与自然生态规律的协调一致。清洁生产、功能区划等建立在科学研究基础之上的现代生态系统管理制度则实现了经济、社会与环境的和谐统一。因此，只有建立在科学研究基础上的生态系统管理制度才是最为合理、有效的管理制度。
4、行政手段、市场手段和公众参与相结合，侧重公众参与的方法。行政手段、市场手段和公众参与相结合是综合生态系统管理的重要方法。在传统的资源管理方式中，行政手段和市场手段起主导作用。但是，在经济、社会、环境管理活动中，行政手段和市场手段的弊端也逐渐暴露了出来。公众参与的方式是社会法部门兴起与社会调整机制变革的重要产物，对于克服行政手段和市场手段的缺陷有重要的补充作用。而且，在现代生态系统管理中，公众参与的方式也是现代民主与法制的重要体现，将越来越成为重要的管理方式之一。
（三）健全法律体系
在整个法律体系层面上，借鉴有关先进国家相关法律体系的配套完善的经验，对
宪法、行政法、
刑法、民法等部门法在环境保护方面进行配套拓展。行政法方面，制定全国湿地保护条例和各地方湿地保护条例，要改造与完善一个当前的生态管理行政系统以适应综合生态系统管理的需要，强化行政机构的环境管理职权和责任，强化环境行政行为合法化的司法审查。通过对各个法律部门的调整，最终形成以
宪法关于环境保护规定为基础、以综合性环境基本法为核心，其他相关部门法有关环境保护规定为补充的完备法律体系。这样才能有效改变
环境保护法力不从心的局面，保证综合生态系统管理的有效实施。
