我国《
林木和林地权属登记管理办法》虽然对林权登记以及变更登记做出了原则性规定，但随着新情况的变化以及有关法律的出台，该《办法》出现了明显的滞后性，可操作性差的问题也愈来愈严重。
首先，登记发证程序不规范。虽然林权证中的“森林、林木、林地状况登记表”有对林权四至部分，但林权登记部门往往对此填写不够具体，也没有附图，因此林权证无法真实反映林权标的物的所在位置。
其次，林权抵押登记不规范。在房地产抵押登记中，抵押权人可以获得《他项权证》来证明其对建筑物的享有担保物权。随着我国房地产交易市场的不断完善，房地产抵押登记工作以及完善，相关材料已经能够实现相关部门之间的互通有无。相对于新兴的林权抵押登记工作，除了林权证上不能够反映林地的具体位置，部分林权证申请表填写不全面这些问题之外，一些地方还存在林权登记申请表、台帐、林权证发放登记表等一整套档案资料不规范、不健全的问题。这必然影响到抵押权人权利的实现。
（二）林权抵押成本高昂
1.评估与保险成本。林权抵押的首要环节是对林业价值实行评估。根据相关规定，林业评估费用按照评估价值的3－6％收取标准。不少地方还规定林农应当加入保险，这又是一笔开支。对于本身需要贷款支持的林业经营者而言，尤其是中小林农，是一笔不小的开支。有些林农甚至因为评估费、保险费高而对林权抵押望而却步，这势必阻碍林权改革的进程。
2.贷款利息与抵押率成本。对于林权抵押贷款，农村信用社发放贷款的利率一般在中国人民银行规定的基准利率基础上上调一定比例，少则30％，多则100％；商业银行的贷款利率上升幅度也在30-50％之间。与一般性贷款相比，林业经营者的贷款成本高。此外，林木价值的抵押率各地也规定，通常占林业评估价值的70％，这限制了林业经营者的用款规模，从而提高了林权抵押的成本。
3.贷款周期成本。为了保证信贷资金的安全，银行往往对林业贷款规定较短的贷款期限，长则8年，短则1年，这与林业的发展现状相违背。林木的生长周期通常较长，一般用材林需20年以上。银行较短的贷款周期使企盼兴林致富的林业经营者往往还未看到收益就疲于还贷。
（三）林权抵押权实现困难
抵押权设立的目的是对债务实行担保，当债务人到期不能偿还债务时，抵押权人可得抵押物的价值优先受偿。抵押权的优先受偿性保证了抵押权人利益的实现，加速了资金融通和商品流通。林木的特殊性在于它不仅有商品价值还有重要的生态价值，因此国家对林木采伐有着严格的规定。除了采伐房前屋后和田间地头零星林木之外，其他的采伐行为均需向林业行政主管部门申请采伐许可证，并按照额定的数量实施采伐。国家林木采伐限额制度的存在是银行等抵押权人权利的实现的巨大障碍。
