同一企业法人内营业机构之间（包括总机构与分支机构之间和各分支机构相互之间）的关系，与各自具有独立法人资格的两个企业之间的关系在法律性质上是不同的。前者是同一法人内部机构之间的往来关系，后者是两个法人之间的往来关系。因此，同一企业内的各营业机构之间的经济往来，除非属于其各自的经营对象范围内容，不应该计价收取利润。因此，总机构提供有形财产、无形财产或资金给其所属的分支机构使用，性质上属于同一企业的资产的内部分配使用，如果彼此计价或收取利息，就会使分支机构的利润不当地转移给总机构，这样就不能客观如实地反映该分支机构的实际经营效果，不符合国际上普遍遵循的在确定分支机构的利润额时应将分支机构视同独立纳税实体看待的基本原则。[29]删除上述禁止税前扣除的项目固定，虽然不会影响对居民企业的课税利益（因为新的企业所得税法对居民企业实行由总机构汇总纳税的征管方法），但不利于我们正确计算确定非居民企业在中国境内设立的分支机构、场所的应税所得额，从而可能影响我国对非居民外国企业应有的税收权益。
3．关于非居民企业从居民企业取得与该非居民企业设在中国境内的机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益的免税问题
《企业所得税法》第26条第1款第3项规定，在中国境内设立机构、场所的非居民企业从居民企业取得的与该机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益属于免税收入。此项税收优惠规定的政策目的和法理依据，似在于鼓励非居民企业通过其在中国境内设立的分支机构对中国的居民企业的再投资和采用股息免税法消除对公司间利润分配的重复课税问题。但问题在于从上述条文规定上看，对非居民企业适用股息免税法没有任何条件限制，这与适用股息免税法解决股息所得重复课税问题的大多数国家的立法实践是不同的。
为了达到既要适当解决对股息分配的经济性重复征税问题，同时又要防止纳税人滥用股息免税制度避税，保证税负公平，许多国家在股东层面适用股息免税法往往规定了一定的条件限制。这些限制条件大体有三类：一类是要求股东在被持股公司中拥有的股份资本达到一定比例，即仅对构成所谓的“重大参股”的股东提供股息免税待遇。例如瑞典税法规定公司间股息分配适用参股免税法的条件是收取股息的公司股东在分配股息的公司股东中持有25％以上的股份或表决权，对证券投资（portfolio investment）所取得的股息则不适用股息免税待遇。[30]这类股份比例的限制反映了适用股息免税法的国家在解决公司间利润分配的经济性重复征税问题上所把握的程度范围。另一类限制条件是要求持股必须达到一定的时限。如丹麦规定母公司从国内子公司收到的股息，如果母公司能够证明在分配股息前至少1年内始终持有子公司20％以上的股份，则收取的股息可以免税。[31]这类对持股时限的限制规定，目的在于防止股息免税待遇被纳税人滥用避税（如采用临近股息分配前收购或增加在分配股息公司中的持股份额的方式套取本来无资格享受的股息免税待遇）。还有一类限制条件是要求分配股息的公司必须是从事积极性的生产经营活动的企业，而非仅从事消极的投资控股业务。这类限制规定主要是为防止那些在避税港设立仅从事消极投资或控股活动的基地公司的股东享受股息免税待遇。
前述《企业所得税法》第26条第1款第3项规定的股息免税待遇由于没有持股比例和持股时限等条件限制，一方面导致股息免税待遇的适用范围过于宽泛，不仅包括象重大参股这类直接投资所取得的股息收益，还可涵盖非居民企业通过境内机构进行的消极证券投资所取得的股息所得，同时也容易留下为非居民纳税人利用避税的漏洞。况且，第26条第1款第2项规定的对居民企业之间的股息、红利等权益性投资收益的免税优惠，还有“符合条件的”这一限定用语的限制，而非居民企业取得的同样性质的投资收益却没有任何条件限制，这也有悖于企业之间公平税负、平等竞争原则。因此，笔者认为对非居民企业从居民企业取得的与其境内机构、场所有实际联系的股息、红利等权益性投资收益，应该与居民企业之间的股息等权益性投资收益享受同等待遇，即也应有一定的条件限制。至于这些限制条件的具体内容，可以参考借鉴有关国家在这个问题上的立法经验和规定，结合我国实际情况，确定具体的限制条件和标准。
4．关于国际税收协定与国内《企业所得税法》的关系问题
在这个问题上，新的《企业所得税法》第58条完全继承了现行《外资企业所得税法》第28条规定，即中国政府对外签订的国际税收协定与国内《企业所得税法》有不同规定的，依照协定的规定办理。这种无条件的或绝对的税收协定规定优先于国内税法适用的处理方法，将使税务机关在今后反滥用税收协定的工作中陷于被动的法律地位，不利于我国防范规制纳税人滥用税收协定进行国际避税的行为。
