2．按照国际上的通行做法，将纳税人区分为“居民企业”和“非居民企业”两类，对前一类纳税人按居民税收管辖权课税，对后一类纳税人行使所得来源地税收管辖权课税
将纳税人区分为居民纳税人和非居民纳税人两类，对属于本国的居民纳税人，征税国主张按居民课税原则课税，要求其就来源于境内外的所得承担无限纳税义务；对不属于本国居民的非居民纳税人，则主张按来源地课税原则课税，要求其就来源于征税国境内的各种所得承担有限纳税义务，这是目前许多国家所得税法的通常做法，也是通行的国际税法惯例。现行的内资和外资企业所得税制均没有正式采用“居民”和“非居民”这样两个专门的税法概念用语。新的《企业所得税法》在这一点上向国际税收惯例靠拢，该法第2条在将纳税人区分为居民企业和非居民企业两类的同时，结合中国的实际情况，兼采“注册地成立地标准”和“实际管理机构地标准”，对企业所得税法意义上的居民纳税人和非居民纳税人作了明确界定。新的企业所得税法意义上的“居民企业”，“是指依法在中国境内成立，或者依照外国（地区）法律成立但实际管理机构在中国境内的企业”；[15]而所谓的“非居民企业”，“是指依照外国（地区）法律成立且实际管理机构不在中国境内，但在中国境内设立机构、场所的，或者在中国境内未设立机构、场所，但有来源于中国境内所得的企业。”[16]
采用注册成立地作为判断居民纳税人身份标准的优点是便于掌握和识别，但其缺点是容易为纳税人利用选择企业的注册成立地规避有关国家的居民税收管辖权。因此，新的企业所得税法同时兼采实际管理机构地标准，就是为了弥补单纯采用注册成立地标准的不足。所谓企业的实际管理机构，在税法上有其特定的涵义，在采用此种标准的许多国家税法上，通常是指企业的实际有效的指挥、控制和管理中心。实际管理机构所在地的认定，一般以股东大会的场所、董事会的场所以及对企业的重要经营决策事项实际行使指挥决定权力的人员通常居住的场所。统一后的企业所得税法采用这一新的居民纳税人身份确认标准，有利于防范近年来许多境内的企业或个人采取将资金转移到中国境外的某个避税港注册成立企业，再以该避税港外国企业的名义在中国境内从事投资经营活动，从而规避在中国承担居民纳税人义务的“假外资”现象。根据新的企业所得税法规定的上述标准，如果有关事实表明，此类“假外资”企业的实际管理机构所在地在中国境内，则它们仍属于中国税法规定的居民企业，应就来源于中国境内和境外的所得，向中国政府履行缴纳企业所得税义务。另外，实际管理机构所在地标准，也是经合组织税收协定范本和联合国税收协定范本共同推荐的解决法人双重居民身份冲突的选择标准。[17]统一后的企业所得税法确立这一标准，便于中国的企业所得税法与对外签订的税收协定的衔接与配合，有利于维护中国的居民税收管辖权。
3．在税收征管方式上，改变了现行内资企业税制采用的以独立经济核算的单位为纳税人就地纳税的做法，规定居民企业原则上以企业登记注册地为纳税地点。但登记注册地在中国境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。对在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的居民企业，应当汇总计算并缴纳企业所得税[18]
现行的外资企业所得税制在所得税征纳管理上是采用由总机构汇总纳税，而内资企业所得税制则实行以独立经济核算单位纳税人就地纳税的管理模式，实行独立经济核算的分支机构的盈亏不能与总机构盈亏合并计算纳税。虽然内资企业所得税制采取这种征管方式是基于我国实行分税制财政体制下税源分配的需要和便于所得税有效就地征管的考虑，但这种征管方式的差别对内资企业而言是不公平的，也不符合公司和企业法人以其全部财产对外承担民事责任的民商法基本原则。新的企业所得税法采取向外资企业所得税制靠拢的做法，规定居民企业原则上以企业登记注册地为纳税地点，由于企业的注册登记地通常就是企业总机构所在地，实际上就是由企业的总机构汇总纳税。但对那些依照外国法律登记注册成立、但实际管理机构位于中国境内的居民企业，新税法规定应由境内的实际管理机构负责汇总申报纳税，这有助于防止这类居民纳税人隐匿境外所得逃避居民纳税义务。
另外，关于企业集团是否可以合并纳税的问题，现行内外资企业所得税制也有不同做法。现行内资企业所得税制规定，对集团公司的母子公司符合规定条件的，允许合并缴纳企业所得税。而外资企业所得税制基本上是以法人来确定纳税人的，没有集团公司母子公司合并纳税的规定。考虑到目前许多国家税法上允许符合一定条件的母子公司合并纳税的做法，新的企业所得税法在这个问题上保留了一条灵活规定，其第52条规定：除国务院另有规定外，企业之间不得合并缴纳企业所得税。这实际上是授权由国务院对企业集团合并纳税作出具体明确的规定。
