现行的内外两套企业所得税制的最大差异在于外资企业所得税制中存在着大量的税收优惠规定，以及各自规定的适用税率的不同，这两方面的因素决定了内资企业与外资企业实际税负水平的差异。新的《企业所得税法》在对现行外资企业所得税制中的税收优惠进行了较大幅度和范围的调整改革的同时，[8]将各类企业适用的法定税率统一确定为25％的比例税率，这就从根本上解决了长期存在的不同类型和资本性质的企业名义税率和实际税负差距较大的不公平问题。25％的比例税率的确定，既顾及到了对内资企业减轻税负和对外资企业尽可能少增加税负的需要，也考虑到了将国家财政减收控制在可以承受的范围，以及国际上尤其是中国周边国家（地区）的税率水平等因素。就目前世界各国企业所得税的平均税率水平和中国周边18个国家（地区）的企业所得税平均税率水平来看，我国统一企业所得税法确定的这一税率，在国际上属于适中偏低的税负水平。[9]在目前国际税收竞争日趋激烈的现实趋势下，这将有利于提高中国企业的竞争力和继续吸引外国投资。虽然随着新的企业所得税税率的适用和税收优惠内容范围的调整，外资企业的税负水平将会略有上升，但由于对统一企业所得税法公布前已经批准设立的外商投资企业和外国企业，规定了可以在该法施行后5年内继续享受原先法律、法规赋予的低税率优惠以逐步过渡到适用新的税率，因此不会对它们的生产经营产生大的影响。[10]
在贯彻公平税负，平等待遇原则方面，新的《企业所得税法》较之现行的外资企业所得税制更为进步的方面，还体现在将享受外国税收抵免待遇的范围，扩大到了非居民企业在中国境内的机构、场所所取得的发生在中国境外但与该机构、场所有实际联系的应税所得。[11]在现行的外资企业所得税制下，外国企业在中国境内的机构、场所取得的上述所得在中国境外缴纳的外国得税，只允许作为费用在计算应税所得额时扣除，而不能抵扣税额。[12]
上述改革内容和特点使得两税合一后的中国企业所得税法律制度，更加符合市场经济的基本法则，充分体现了中国政府贯彻对外资逐步实行国民待遇原则的精神。
二、参照国际惯例原则，进一步规范和完善企业所得税制度
新的统一企业所得税制的另一特点是参照国际惯例，借鉴各国税制改革的经验，对企业所得税制度作了进一步的科学规范和合理完善。这主要体现在以下几个方面：
1．取消原内资企业所得税制以“独立经济核算”标准确定纳税人的做法，规定企业所得税的纳税主体为企业和其他取得收入的组织，个人独资企业和合伙企业不是企业所得税的纳税人
现行的内资和外资企业所得税制在纳税人范围界定上采用的标准并不统一。内资企业所得税制采用独立经济核算标准，凡同时具备在银行开始结算帐户、独立建立帐簿编制财务会计报表、独立计算盈亏三项条件的企业和组织，均为内资企业所得税的纳税人，无论它们是否具有独立法人资格。[13]内资企业纳税人的具体范围包括中国境内的国有企业、集体企业、私营企业、联营企业、股份制企业和有生产、经营所得和其他所得的事业单位、社会团体等组织。外资企业所得税制则是具体规定其纳税人范围包括在中国境内设立的外商投资企业（即中外合资企业、中外合作企业和外商独资企业）和外国企业两类纳税主体，同样没有采用具备独立法人资格的界定标准。内资企业所得税制采用实行独立经济核算单位作为界定纳税人的标准，主要是基于当时中国实行的分税制财税分配体制，企业所得税属地方政府税源的因素和便于实现有效征管方面的考虑。
虽然在两税合一的讨论过程中，税法理论界多数主张统一后的企业所得税制应以是否具备法人资格为纳税人身份的界定标准，甚至建议新的企业所得税制名称就应采用“法人税法”或“法人所得税法”。但立法部门考虑到与现行税法的有关规定相一致，最终未采纳上述意见。《企业所得税法》第1条中规定的“企业和其他取得收入的组织”一语，其涵义虽然有待于在该法的实施细则中具体明确，但肯定是一个涵盖范围相当广泛的概念，原则上凡具备独立法人资格的内资企业所得税制下纳税人（包括企业和事业单位、社会团体）和外资企业所得税制下的纳税人，均为统一企业所得税的纳税主体。此外，某些虽不具备独立法人资格，但具有某些法人特征的经营组织，如不具备法人资格的中外合作企业、联营企业、民办非企业单位等，也可能成为企业所得税的纳税人。但该法第1条第2款明确规定个人独资企业和合伙企业不适用本法。因为依照中国个人独资企业法和合伙企业法的规定，这两类企业不具备独立法人资格，出资人一般承担无限责任，个人财产和企业财产无法明确区分，而且有关的税收行政规章已经规定了合伙企业的生产经营所得和其他所得，由合伙人分别缴纳所得税；个人独资企业以投资者为纳税义务人，依照个人所得税法的规定缴纳个人所得税。[14]
