2．生态要素管理分割化，部门利益化
　　
　　我国长期以来自然资源的要素化管理，使生态整体中的水、土、林、草等被分割管理于不同的行政部门。而这些行政部门的职能又是兼自然资源开发与保护于一身的，这就会产生许多需协调的利益问题。生态恢复与重建中，水、土、林等各种部门往往需要协同统筹，宜林则林、宜荒则荒，水土调配使用都需视科学的需要而定。我国生态恢复的资金多由国家财政拨款，按照主要的恢复对象由对口行政主管部门承担，资金也拨付到该部门。比如植树造林由林业部门承担，而水土保持由水利部门承担。这样各部门就只注重本部门的单纯职责，而忽视了生态环境保护与恢复的整体效益。比如说林业部门的权限范围只负责植树，不负责种草，在不太适宜种树的西北干旱地区进行生态恢复，如果由林业部门开展此项目，则可能会不顾生态规律勉强种树而不种草；又比如水利部门主抓的水土保持项目，可能会更重视水土保持，而不是短期的工程项目，但是与水利部门的大型水利工程建设相比，积极的新建水电站项目又会是比进行单纯的水土保持项目资金量大多的，中短期内抵御洪水、减少自然灾害、加上发电收入等见效也快多。但是从长期甚至更长远的历史角度来看，对江河物种、全流域生态状况的影响却是却是令人担忧的。
　　
　　3．生态恢复与重建中局部利益与整体利益的冲突
　　
　　对于生态恢复与重建的重要性，许多地方领导都能意识到。近年来逐渐兴起的小流域治理就是一个典型，并且取得了相当好的效果。其主要作法就是在行政辖区内集中资金、人力的投入，加大对地下水源或地上水源的汲取或截流，兴修小型水利设施，改善农田和城市的用水环境，能够快速的取得小流域内的生态和经济效益。但是经过一定时间的证明，小流域治理形式是不可持续的。这是因为，生态系统的整体性，使其不可能因县、市的分界而分割，靠增加一个小区域的耗水量而形成的生态状况改善，只会造成其下游或周边地区更加的缺水，甚至造成其它地区地下水位严重下降以及河道断流，形成“治理了一小片，荒芜了一大片”的严峻生态退化现象。因此，在生态恢复与重建中重视局部利益与整体利益的协调，才能充分体现生态系统管理思想。
　　
　　4．生态恢复与重建中存在短视行为
　　
　　生态恢复与重建是一个庞大的系统工程，从决策的酝酿制定到执行与具体落实的过程需要由不同的人员进行，任何一个环节出现差错都会影响重建与恢复的效果。随着国家对生态建设投入的逐年加大，使各行政部门力争掌控更多的生态建设资金进行关切于本部门工作的事业，政府行政部门同时也难免产生寻租行为，生态建设资金的投向与效果之间缺乏长期的评估机制使这种现象屡屡发生。另外，在实施恢复与重建的具体工作中，由于部分人员思想落后，使得工作徒有形式，少有实效。如在我国长江流域实施的退耕还林、植树种草工程中，一些工作人员敷衍了事，种植树木甚至不符合最基本的要求，导致一些地区“只见种，不见活”。
　　

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