行政机构的民事或行政处罚是否属于阻止公民诉讼的因素，司法实践不尽相同。本文以在公民诉讼限制领域中适用较为深入且极具争议的《清洁水法》第309(g) (6)条为例予以说明。309(g)是《清洁水法》实施（enforcement)条款中的行政处罚（administrative penalties）的内容，该条规定，执法者可以根据具体情况对违法者处以两种等级的民事处罚（civil penalties)。这种以金钱制裁为表现形式的民事处罚本质上属于行政处罚。该条是国会为了增强行政机构实施法律的能力而设计的，这种行政处罚可以阻止以民事处罚为诉讼请求的公民诉讼的提起。309(g) (6)规定，如果执法的联邦或州机构对违法行为施加了以民事处罚为表现形式的行政处罚，公民诉讼不得提起。即：对于违反《清洁水法》的任何行为，如果存在以下三种情形：(1)联邦机构依据本条已经开始或者正在勤勉地行为；(2）州机构依据与本条类似的州法已经开始或者正在勤勉地行为；(3)联邦或州机构颁发了一项不受进一步的司法审查约束的终局命令或者违法者依据本条或与本条相类似的州法已经支付了所确认的民事处罚。则不得依据《清洁水法》的公民诉讼条款提起以民事处罚为诉讼请求的公民诉讼[17]。其立法目的是避免由于执法机构和公民诉讼原告双重实施法律而对同一违法行为重复处罚。
309(g)(6)争议点主要为：其一，何谓阻止公民诉讼的行政行为？阻止公民诉讼提起的是否仅限于民事处罚，是否还包括其他实施法律行为；其二，何谓阻止公民诉讼的诉讼类型？不得提起的公民诉讼是否仅限于以民事处罚为诉讼请求的公民诉讼，是否包括以衡平法上的救济（equitablerelief）为诉讼请求的公民诉讼。法院对此分歧很大，主要采取宽泛解释和狭义解释两种态度。
其一为宽泛解释，认为阻止公民诉讼的实施法律行为并非仅指民事处罚，还包括要求违法者守法的行政执行命令等。宽泛解释之目的是强调行政机关在实施法律方面的主导性，严格限制公民诉讼的提起。典型的案例是南北河流分水岭协会组织诉赛土特镇案（North＆South Rivers WatershedAssn, Inc.v．Town of Scituate)[18]。赛土特镇经营的一个污水处理厂因无《清洁水法》所要求的NPDES许可证向河流排污，导致马塞诸塞州环境保护部于1987年颁发了一项行政命令，要求其新建废水处理设施和改进现有设施。在赛土特镇履行过程中，环境团体于1989年对其违反《清洁水法》的行为提起公民诉讼，要求民事处罚和衡平法上的救济等诉讼请求。联邦地方法院依据309(g) (6)支持了赛土特镇，认为行政执行命令可以阻止公民诉讼。环境团体在上诉审中主张，能够阻止公民诉讼的只能是行政机构实施的以金钱制裁为表现形式的民事处罚，但第一巡回法院拒绝了其主张，对309(g）(6）做广义的解释，认为只要行政行为已经开始和勤勉地执行，公民诉讼就无提起之必要了[19]。
