（七）建立区际生态补偿专项基金模式的横向生态补偿机制。可借鉴德国等以州际财政平衡基金的模式实现横向转移的方法，在我国经济生态关系密切的同级政府间建立区际生态转移支付基金，通过地方政府间的相互协作，实现生态成本在区域间的有效交换与分担。区际生态转移支付基金由特定区域内生态环境收益区和提供区政府间的财政资金拨付形成，拨付比例应在综合考虑人口规模、财力状况、GDP总值和生态效益外溢程度等因素的基础上来确定。各地方政府按拨付比例将财政资金缴存入生态基金，并保证按此比例进行补充。基金的缴付要体现“抽肥补瘦”、共担责任的原则。生态基金必须用于绿色项目，包括生态服务提供区的饮用水源、天然林及湿地的保护，生态脆弱地带的植被恢复，退耕还林，退田还湖，防沙治沙，因保护环境而关闭或外迁企业的补偿等。建立基于生态补偿需求的横向转移支付制度，并非要否定财政纵向转移财力来实现生态补偿的重要作用，只不过其两者的分工不同、操作方式不同、互为补充而已。前者是以区域生态转移支付基金的模式进行运作，用于区域性生态服务的补偿；而后者则是采用专项补助的方式，对全域性的生态服务进行补偿，如整个自然保护区域的退耕还林、生态恢复等。另外，在特定流域的上、下游之间——上游地区承担着生态保育、为下游及全域地区提供重要的生态屏障；生活饮用水源地和使用地之间，还可通过协谈，建立“一对一”的横向生态补偿机制。要改变重纵向而轻横向管理协调的体制弊端，发挥中央或省级政府的宏观协调财力支配与转移支付的能力，将上下游地区的生存发展权利、资源开发权利和享有清洁河流、生态安全保障的权利综合起来，重新配置界定，由上下游地区结成利益共同体，共享良好环境，共担生态建设成本。具体的实施措施有：如由中央或省级政府、上下游地区按一定分摊比例共同组成流域公益林生态效益补偿基金，特别用于上游传统林产企业的转产和森林采伐政策的实施及水土保持工作；或者采取“对口支援”或扶贫的方式，给禁伐的自然保护区一定的优惠政策和配套资金，改善其基础条件，由政府牵头引进下游和发达地区的资金，逐步改造禁伐地区的传统产业结构，发展诸如以生态农业、生态旅游为主导的产业。
（八）建立面向社会的自然保护区生态补偿专项基金。只要是自然保护区生态补偿政策框架内获得的其他社会资金，包括国际组织、外国政府、国内机构、团体或个人基于生态保护建设的义务捐资或各种援助，可以建立自然保护区生态补偿专项基金，[6]并依法纳入规范化监督管理的范畴进行有效运作使用。
从生态区划的方针要求与自然保护区的科学发展来看，基于政府主导辅之以市场机制，应当构建一个综合的生态补偿平台，但从目前实践条件考虑，暂先鼓励各地和有关部门因地制宜地建立多种形式的平台，进行各类生态补偿机制的积极探索。在条件成熟的情况下，建立综合统一的生态补偿专项资金平台，引入社会化运作管理模式，构建多渠道、多层次、多形式的能广泛吸引资金的吸纳机制即综合投入体系，促使各类生态补偿基金项目的规范管理并有效运作。关键保障在于加快自然保护区生态补偿的立法调整。无论是政府财政转移支付还是市场经济手段的生态补偿政策，都需要立法确立其方针原则、实施模式及机制。当务之急是在研究制定（修订）中的《自然保护区法》或 《
自然保护区条例》中 ，要将具有完整且普适性的生态补偿法律制度或操作规程纳入其中，明确界定补偿主体、受偿主体、补偿范围、补偿标准、补偿程序、资金来源、违法责任、生态损益价值的评估机制及纠纷协调处理机制等。
