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（二）要规范与改进中央和省级财政纵向转移支付。国家需要加大对重要生态功能区的财政转移支付力度，在不同功能区推进地区间公共服务均等化的目标与财政体制改革的目标是一致的，科学的一般性转移支付体系最终是能够适应主体功能区规划要求的。应完善转移支付的立法调整，积极规范和改进中央、省级的财政转移支付。应建立科学的、能够量化的指标体系，并对多种转移支付项目进行归并调整，适当减少转项转移支付，力求建立透明、合理、规范的转移支付体系。[7] 针对省级财政用于一般性转移支付占全部转移支付的比重十分有限，对那些位于省内自然保护区域的经济基础薄弱的县市而言, 实施一般性转移支付基本上只能解决当年的“吃饭”问题，财政吃紧的地(市) 、县, 尤其是老、少、边、穷地区的历史包袱和建设问题仍然不能根本解决。故依靠省以下政府制定专门针对辖区自然保护区域的转移支付制度是不现实的，实际操作较困难，而要以财政转移支付为基本手段，促进各地区公共服务水平的均等化，建立健全省以下特别转移支付制度。
（三）要建立一套切合实际的财政转移支付激励和约束的规范机制, 充分调动地方政府的积极性,合理引导其尽可能地将上级政府的财政转移支付资金及自身的部分财政资金有效用于重要生态功能区的建设发展上。要推动主体功能区财政转移支付法制化建设，尽快完善财政转移支付立法及适于主体功能区发展规划方案的规制措施,明确财政转移支付的目标、基本原则、依据和用途、核算标准、分配方式、审批监督管理程序及违反者应承担的法律责任等,逐步将符合主体功能区框架的财政转移支付纳入规范化的运行轨道。同时,要尽快设计一套符合主体功能区规划方案的财政转移支付量化指标和绩效考评体系,对财政转移支付资金使用情况及其效益进行客观评价, 确保有限的财政转移支付发挥更大的作用。[2]
（四）提高生态公益林补偿标准及扩大覆盖面，完善自然保护区生态公益林效益补偿机制。保护区生态补偿标准的确定方法有三：基于生态系统服务价值评估的标准；基于保护成本的标准；基于保护损失的标准。当前各省保护区及社区农户都强烈要求提高生态公益林补偿标准。若以广东为例，经调研了解，少则建议提高至15-20元/亩，多则建议30-50元/亩。虑及该省现实情况和政府财力，20-25元/亩是比较合适的补偿标准，且要有一个合理的自然增长机制。如广州市决定自2008年开始将生态公益林补偿标准提高到35元/亩起始，这对提高公益林补偿标准有一个较好的示范效应。另外，应对保护区内没有划为生态公益林但禁止砍伐的原属于农户或集体的林木也给予合理补偿，其补偿标准参照生态公益林补偿标准；或者将其全部划定为生态公益林。目前确定生态公益林补偿标准，虽然考虑到了公益林的管护补助、补植改造种苗补助和因禁伐而造成经营者的经济损失补偿费等项目，但受总量控制与财政预算安排等因素制约，其测算仍不准确欠科学，其数额远低于农民实际预期。近年来，随着林木价格日涨，山地价值、林地租金不断提升，林农经营商品林与生态公益林的经济效益差距逐步拉大。明显例证有：一是广东全省各地林地平均租金普遍已从2002年的每亩每年6—10元大幅上升到如今每亩每年20—40元。二是商品材价格看涨，经营用材林效益好。如以广东某地的测算为例，经营用材林，按每立方米木材平均价格500元计，除去各种税费，每亩山地年纯收入就可达70多元。生态公益林补偿标准及实施机制未合理考虑不同地区的经济环境条件差异，简单划一，既可能加剧新的地区不公平，也难以落实地方配套补偿政策。如《广东省森林保护管理条例》规定“各级人民政府每年应从地方财政总支出中安排不低于百分之一的资金。”这对经济发达的珠三角地区而言，当然不成问题，具有生态环境建设的资金优势，而地处广东“四江”（即东江、西江、北江、韩江）流域中上游且经济欠发达的粤北、粤东地区，保护区面积较大，财政配套资金需求量大，而这些地区财政本来就捉襟见肘，若按规定要安排配套资金较为困难，即便基数颇低的地方财政足额支持也还是不够，于是导致：谁的保护区越多，谁的生态公益林建设任务越重，谁就要“被迫”拿出越多的资金。这种不合理的制度安排必须要得到扭转改变。为此，进一步提出该政策方案的实施建议如下：
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