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究其原因，管理体制不顺及制度缺陷是导致财政投入不足的根源。我国自然保护区实行分级管理，根据其重要程度分为国家级和地方级（再分为省、市、县级）。国家级自然保护区应属中央政府管理，但实际上其绝大多数是由所在地政府管理，不少还由县、乡级政府管理。要紧的是中央政府在把责任委托给了地方政府，没有委以相应的权利，主要是没有必要的经费投入。而同样的无经费投入的责任委托又相继发生在各地方政府的上下级之间。这就出现了级别与管理责任的错位[5]。显然，多数地方政府是不能保证足够的投入，贫困边远地区的自然保护区处境更为艰难。在发达国家，中央政府财政拨款普遍是自然保护区建设管理经费的最主要来源，对保护区发展具有基础性的主导作用。而我国现行立法规定的各级各类自然保护区建设经费来源均体现出以“地方投入为主，中央财政适当补助及部门支持为辅”的特征，是导致各级财政投入不足的制度根由。
各地经济发展不平衡亦加剧了保护区资金的紧张局面。在自然保护区依靠地方财政维持运行的条件下，东部沿海广东、浙江等经济发达地区，自然保护区所需经费已基本纳入省级财政预算，生态保护良好。而中西部地区，除国家级保护区由中央财政统管外，其他悉属于地方，其保护能力相对薄弱。经济落后地区的环境又往往是开发得最少、资源保存得最为原始和最为完整的，一方面亟待重点管护，另一方面又因其稀有性而成为旅游资源开发等经济创收的首选对象。因而，为脱贫致富而发展地区经济与为保护原生态而需有效管理和建设自然保护区之间就产生了孰优孰劣的矛盾。其中，远期的、整体的生态利益往往被近期的、局部的经济利益所蒙蔽，发展经济摆脱贫困往往成为地方政府牺牲自然生态效能振振有词的依据。某些偏远贫困地区由于自身财政能力的限制对自然保护区的投入远远不足，而这些地区的保护区又往往是开发最少、保存最完整而最需要保护的。
自然保护区普遍面临的经费紧缺问题，已导致了较严重的不利后果：首先，保护区管理和建设工作乏力而不到位，无法坚持长期有效的管护、监测和执法，管护水平低、基础设施普遍薄弱，严重制约着保护区的正常建设、规范管理和健康发展，直接影响到保护区生态和社会经济效能的积聚与发挥。其次，地方政府为发展经济、增加财政收入，依靠保护区的环境资源，大搞旅游资源开发等经营创收活动，热衷于设立风景名胜区、森林公园等游览开发区域，并设法蚕食、挤占自然保护区，甚至将保护区纳入旅游业发展规划中，与保护区的建设和管理的初衷背道而驰。同时，许多保护区也迫于“自养”求生，趋于重经营轻管理而刻求经济效益，擅自利用景观、水能等资源大搞商业、旅游、水电开发等“自养”型项目，从而使管护机构集管理与经营职能为一体，且往往弱化管护职能，倾向于直接经营，忽视保护区的生态效益，滥用资源无度，创收开支失范，导致资源被过度开发，生态遭到破坏。还有，自然保护区经费拮据对于其自身发展需要就已经是朝不保夕，更无法再拿出一定资金对因保护区建立而受到生产生活上不利影响的居民进行合理补偿，从而容易造成保护区与周围社区、居民的矛盾冲突，麻烦不断，无益于保护区的管理发展。
总之，目前主要依靠中央和省级政府财政拨款所形成单一且有限的资金渠道，已经无法满足我国自然保护区的全面规范化管理和长远发展的需要。“保护越多、包袱越重”是我国区域生态保护建设中体制性矛盾的生动写照，也是区际生态利益失衡的集中体现，为解决这种体制性矛盾，重在缓解自然保护区资金短缺的现实难题，根据科学发展观及“受益者补偿”之生态建设的基本原则，应积极探索构建多元化融资渠道的自然保护区生态补偿机制，现实有效的选择即在于通过相应的政策引导与制度设计来缓解自然保护区的资金紧缺问题。
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