（四）补偿方式和资金来源单一化
我国《
森林法》第
八条规定：“国家设立森林生态效益补偿基金。”国家对森林生态效益补偿的方式主要依赖于基金的建立。补偿方式的单一决定了在生态效益补偿上要课以资金更多更重的负担，如果资金不到位将会造成生态效益投资者和保护者的利益损失，降低他们对生态效益补偿的信赖利益，易造成更大的生态损失和不利益。就江西省来说，现有的补偿资金几乎全部来源于财政拨款。江西省已经取消了市县乡所有的木竹收费项目和木竹农业特产税等。据统计，2006年全省减免的林业税费达到14.6亿元。虽然林农的负担较之以前有所减轻，但是在高额的林业工作经费面前，尤其是在生态公益林补偿方面，基层财力遭遇了严峻的挑战，而且到目前为止我国还未真正建立依靠政府、社会、市场等多元化筹资机制所应形成的生态效益补偿基金，中央和地方财政负担沉重，很难满足生态公益林营造与管护的实际需要。
（五）补偿标准低，欠缺激励机制
从理论上讲，森林为社会提供了无偿生态服务，使得森林经营者私人边际收益小于社会边际收益，导致森林供给不足。为了解决森林有效供给问题，应为森林经营者提供额度为社会边际收益与私人边际收益之差的额度补偿。但在现实中，要确定私人边际收益和社会边际收益是十分困难的。在目前的行政主导体制下，补偿标准确定的主要依据是补偿主体的承受能力（即财政支付能力），没有导入市场运作机制，无法对生态公益林所能提供的生态服务价值充分把握，因而难以科学合理地确定补偿标准。[10]生态效益补偿的数额不能达到划定生态公益林以前经营者从森林经营中所获得的经济收入，公益林经营者得不到与其他项目经营者基本相同的盈利，就会挫伤公益林经营者的积极性，达不到补偿目的。
自2001年江西省纳入首批中央森林生态效益补助资金试点以来，近些年森林生态效益补偿资金总额和补助标准都有所提高。但随着经济的增长，林业成本也是逐步加大的，事实上该补偿标准依然比较低，很难对公益林经营者和管护者的利益进行充分的补偿。此外，由于补助标准大致相同，未体现出奖惩原则，很多在生态保护上取得显著效益的林业管护者却无法得到足够的补偿或是没有补偿，这必将导致社会的不公正和不稳定，影响林业可持续发展和生态效益的提高。
