一、森林生态效益补偿存在的主要问题
我国的森林生态效益补偿制度已初步建立，在生态保护上也已经取得了显著成效。但是因为该制度建立时间不长，很多细节还处于研究和摸索阶段，因此，该制度在实际操作中还存在各种各样的问题，生态保护与经济发展矛盾仍然比较突出。
（一）保护范围局限于树木和其他木本植物
目前的森林生态效益补偿仍然是把森林看作是营造、抚育、保护和管理的对象，把森林资源仅当作客体加以保护，忽视了对林木周围生态环境的保护。这种将森林资源的生态补偿仅局限于树木和其他木本植物的观点缺乏生态保护的整体主义，从功利主义出发来思考问题并进行政策法律制度的设计，这种做法的目的仍然是为了满足人类的需求，不承认森林具有自身的价值和生存的权利，这无疑是“人类中心主义”为主导的生态伦理观念。[7]
（二）公益林的划分不太合理
按照森林的主导功能不同，我国将森林划分为公益林和商品林，其中公益林包括防护林和特种用途林，我国《
森林法》第
八条确立的森林生态效益补偿基金，仅对提供生态效益的防护林和特种用途林规定了补偿。依据2001年江西省全省分类经营区划，公益林面积543.97万hm2，占林业用地的51.8%；商品林面积506.83万hm2，占林业用地的48.2%。到2007年，江西省公益林补偿面积已增至340万公顷, 占全部林地面积的32%，其中重点公益林补偿面积204.13万公顷，地方公益林省级补偿面积135.87万公顷。[8]
江西省自然条件好，光照和雨量充足，树木生长比较快，很多林地更适宜发展为经济林、用材林和薪炭林，但是政府却常常将其划分为公益林，任意扩大公益林的面积，对公益林和商品林的划分未进行深入研究，并缺乏对林地的实地考察。任意划分公益林，往往使森林不能发挥其应有的生态效益。
（三）公益林的价值没有得到有效利用
2007年，江西省印发了《关于加强森林采伐管理的通知》，对公益林采伐作出了限制，对特殊保护的公益林实行了最严格的保护措施——禁止采伐；重点保护的公益林可进行必要的抚育和更新性质采伐；一般保护的公益林可进行合理性改造。这样的规定对保护森林的生态效益具有十分重要的生态意义。但在实际中，仅仅按照硬性规定，且受到严格的采伐许可程序的限制，极易造成公益林经济价值的损失，有的自然条件好的林区，且林木生长较快，其禁止采伐会失去很多经济效益。另外，现有的生态公益林生相当一部分是在消灭荒山基础上建设起来的，其森林植被结构简单，森林资源总体质量不高，且结构不尽合理，人工纯林、针叶林居多，混交林、阔叶林少，相当部分生态公益林的生态功能等级偏低。[9]而林农对怎样科学合理与最大化利用公益林缺乏相应的认识，造成生态公益林的经济利益和生态效益得不到最大平衡。
