（四）法律责任制度不健全
首先，对违法行为处罚力度不够，行政责任主体范围存在缺失。《条例》第34至37条规定了在自然保护区保护、管理和开发利用中的行政责任。从承担行政责任的主体看，包括违法进入自然保护区的或违法从事开发活动的单位和个人等，即保护区的开发利用者，也包括保护区的管理机构。第39条规定，妨碍自然保护区管理人员执行公务的，由公安机关依照 《
中华人民共和国治安管理处罚条例》的规定给予处罚。《条例))没有规定环境保护行政主管部门及其他保护区行政监督管理部门在履行行政职责过程中违法所应当承担的行政责任。从立法技术上讲，没有全面包涵所有可能产生行政违法的主体，不利于对行政执法进行有效监督，容易导致行政管理和监督行为的失范。
其次，有关民事责任的规定过于原则。《条例》只在第38条规定，违反本条例规定，给自然保护区造成损失的，由县级以上人民政府有关自然保护区行政主管部门责令赔偿损失。《条例》关于民事责任的规定，在民事责任承担的方式上仅采用了赔偿损失一种责任形式。没有规定停止侵害、排除妨害等责任形式。不利于全面地保护区的民事权益利益；另一方面，《条例》没有规定自然保护区在开发、利用、管理及保护中给其他相对人造成侵害是否应当承担民事责任。不利于保护保护区周边居民的利益，从民事保护的角度讲，未能体现公平的原则。同时，也没有规定就民事纠纷当事人是否可以直接选择诉讼。
再次，对于刑事责任的规定与其他法律相矛盾。《条例》第4O条规定：“违反本条例规定，造成自然保护区重大污染或者破坏事故，导致公私财产重大损失或者人身伤亡的严重后果，构成犯罪的，对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法追究刑事责任。”但在《
森林法》、 《
土地管理法》、《
矿产资源法》等法律规定中并没有规定只有在构成破坏事故才应当承担刑事责任。
四、我国自然保护区立法建议
（一）完善自然资源保护立法体系
1、进行综合性自然保护立法。从我国自然保护区现行立法体系本身来分析，在自然保护区立法的时候应考虑完善立法体系，制定高位阶的综合性专门立法。很有必要将《
自然保护区条例》上升为法律，制定一部统一而完善的《自然保护区法》。从而构建一种以《自然保护区法》为主，行政法规、地方性法规和规章为辅的立法模式。
