根据国家环保局于1993年批准的《自然保护区类型与级别划分原则》，我国自然保护区分为三个类别九个类型，即自然生态系统类型(森林生态系统类型、草原与草甸生态系统类型、荒漠生态系统类型、内陆湿地和水域生态系统类型、海洋和海岸生态系统类型)、野生生物类型(野生动物类型和野生植物类型)和自然遗迹类型(地质遗迹类型、古生物遗迹类型)。显然，我国在立法上并未将国家公园(森林公园、地质公园)、风景名胜区、海洋保护区、生态功能保护区和历史文化遗迹纳入自然保护区范畴。这种分类方法不仅与国际公认的分类方式相去甚远，无法与国际接轨，而且存在交叉与重叠，更重要的是没有把应当作为自然保护区保护管理的区域包括近来，比如自然公园等。
（三）我国自然保护区管理体制存在问题
目前我国自然保护区实行综合管理与分部门管理相结合的管理体制。在自然保护区建设过程中，自然保护区的管理工作逐步加强。1994年国务院颁布《
自然保护区条例》后，国务院林业、环境保护、国土资源、农业等有关部门制定了有关的行政规章、标准，许多省制定了关于自然保护区的单项法规、规章。我国依法实行了国家对自然保护区实行综合管理与分部门管理相结合的管理体制，国务院环境保护行政主管部门负责全国自然保护区的综合管理，国务院林业、农业、地质矿产、水利、海洋等有关行政主管部门在各自的职责范围内，主管有关的自然保护区，全国有三分之二的自然保护区建立了专门的管理机构，配置了专业管理人员2万多人；同时也依法规范了自然保护区的申报、考察、评审、报批、检查工作，加强了自然保护区的管理。
然而我国自然保护区管理非常薄弱，不少自然保护区管理机构不健全，管理人员不足，且业务素质偏低管理手段和基础设施落后。长期以来，逐渐形成某一部门统管某一类型自然保护区，部门之间业务分隔而管理职责重叠交叉的现象。自然保护区域内的资源常常分属于几个部门主管，如一个典型的红树林自然保护区，海洋和海岸带属海洋部门，浅海和滩涂中的水生动物属农业部门，林木和栖息于保护区中的鸟类则属林业部门。部门之间因此产生了管理权限上的矛盾。由此可见，目前的管理体制和管理方式妨碍自然保护区发挥整体效益。另外，我国自然保护区监管缺乏应有的资金保障。依据(《条例))我国自然保护区实行分级管理，即国家级和地方级。其中国家级的自然保护区占大多数。对于国家级自然保护区的管理，实施起来通常都是由国家委托地方进行管理。虽然中央政府把国家级自然保护区的管理责任委托给地方政府，却缺乏基本的资金保障，且给予地方太多的责任。加上我国的自然保护区多处于经济相对比较落后地区，地方政府不能保障对于自然保护区的有效投入。
