由于缺乏统一的湿地保护法，现有湿地概念模糊、湿地管理边界的不确定性、监督机制的不健全，因此在湿地保护问题上，存在法条竞合，管理混乱的问题。
行政实践中，某块海域若刚好处于红树林保护区的范围，那么在对该片海域进行管理时就会发生适用《
中华人民共和国海域使用管理法》和适用《中华人民共和国自然保护区管理条例》的法条竞合的情况。由于各法的立法目标和理念不同，必然导致在某些具体问题上的处理方式的不同。
此外，由于缺少统一的湿地保护立法，因此目前对湿地的保护都是根据湿地的各部分资源进行保护。但由于不同资源由不同机关管理，在湿地管理上，往往导致各司其职、各行其是。这不仅不利于湿地整体之保护，有时甚至会加剧破坏。“如为土地管理部门所欢迎的垦荒造田、围湖造田等开发耕地的行为可能对湿地造成致命威胁。又如渔政管理部门赞同的渔业规模养殖又可能对湿地水质造成严重破坏，或者威胁其他水生生物的生存。湿地立法的紧迫性。”[7]
（四）有关湿地保护的相关机制尚未建立
湿地保护除了要有有关湿地保护的禁止性规范，还需要有诸如湿地生态补偿、湿地环境影响的评价制度和资源开发准入制度等相关机制的配合。
湿地作为一个生态系统，其具有各种不同的资源。这些资源不仅具有生态价值，还具有经济价值。并且湿地自古以来就是人们从事农耕牧渔的重要场所。因此若对湿地进行严格保护，自然会影响到依靠湿地生活的人们的生活，从而也就需要在对湿地保护同时，对以湿地为生的人们进行相关生态补偿，对湿地资源的开发实行准入制，以及建立其他一些与湿地保护相配套的制度。
三、对我国湿地立法的思考
上述我国在湿地保护立法方面的问题，很多专家学者及湿地保护单位都已经认识到了。这些年很多地方都加强了对湿地保护的地方性立法。目前国家林业局也还制定《中华人民共和国湿地保护条例》报国务院法制办，但是笔者认为仍应当出台一部专门的湿地保护法律对湿地进行保护。理由如下：
（一）湿地是具有独特功能的生态系统，在我国实现可持续发展进程中具有重要的国家和区域生态安全的战略资源地位，应由位阶高的法律对其进行保护。
“湿地是一种多类型、多层次的复杂生态系统，具有水陆过渡性、系统脆弱性、功能多样性和结构复杂性特征，支撑着独具特色的物种和较高的生产力。在现存的天然湿地中，至今未遭到人类强烈开发的湖泊、沼泽和河流，基本位于我国中西部生态脆弱地区，这些湿地仍面临不合理开发的巨大威胁，一旦破坏，结果将导致我国西北内陆干旱区湖泊的迅速萎缩、碱化，湿地丧失等，加剧该区域的生态环境的恶化。此外，东部地区湖泊、河流等的污染和富营养化，已成为公害；长江中游河湖的快速淤积与天然湿地的过度开垦，直接为调蓄防洪带来很大的隐患。海岸带湿地开发秩序混乱，布局不合理，近海域的污染和赤潮等，使海岸生态系统遭受破坏，生物多样性下降。保护我国湿地，不仅是我国生态环境建设的重要任务，更是维护国家生态安全的强制性义务。”[8]
