由于这些法律针对的是大部分地区的森林、水污染防治等的自然资源保护以及污染防治，并不特别针对湿地这一特殊的生态系统的保护，在保护方式上没有体现湿地的特殊生态状况。因此在利用这些法律对湿地各要素进行保护时，可能出现不利湿地保护的情况。
例如，在实践中，“由于没有专门的湿地法规，管理者只能套用相关法律法规，这样就必然会或多或少出现适用性偏差的问题。如对于毁坏红树林的违法行为，林业主管部门只能根据《
森林法》对其做出处罚，依据《
森林法》第
39条及44条的规定，让其进行补种及处以盗伐林木价值3倍以上5倍一下的罚款或处以毁坏林木价值1倍以上5倍以下的罚款，按如此条款处罚，由于红树林的价值不能像木材一样按其经济价值来衡量，所以对违法者的处罚必然会出现过轻的问题，从而达不到对毁林者进行惩戒的效果。”[5]
再比如“如《
水污染防治法》中规定的排污浓度适合一般的水体保护，在通常情形下，依此排污不会产生大的问题，但却可能对某湿地极其脆弱的微生物系统造成致命威胁，从而影响到整个湿地系统。”[6]
（二）现有法律法规有关湿地的土地属性规定，不利于湿地的保护。
根据《
中华人民共和国土地管理法》第
4条的规定，土地分为农用地、建设用地及未利用地。湿地除了小部分属于农用地外，大部分属于未利用地。又根据《
中华人民共和国土地管理法》第
38条的规定，国家鼓励单位和个人开发未利用地。因此，在现实中，人们未重视湿地的生态价值，而对其进行无序的开发，导致天然湿地面积不断减少，生物多样性遭到破坏，湿地污染加剧，湿地系统的生态环境逐渐恶化。
（三）由于现有湿地概念模糊、湿地管理边界的不确定性、监督机制的不健全造成现有法律法规对湿地保护存在多法竞合，管理混乱的问题。
